271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4266 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4266  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 407 aa  779    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2069  HlyD family secretion protein  59.06 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.473909 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2304  RND family efflux transporter MFP subunit  52.46 
 
 		 396 aa  365  1e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1940  secretion protein HlyD  50.91 
 
 		 395 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.345824  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3438  putative secretion protein HlyD precursor  42.12 
 
 		 399 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0583205  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5375  HlyD family secretion protein  42.34 
 
 		 399 aa  266  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.288749  normal  0.0889869 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0218  hypothetical protein  37.37 
 
 		 392 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.73 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1581  secretion protein HlyD  44.04 
 
 		 396 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0301644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.62 
 
 		 438 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.856716 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1702  secretion protein HlyD  40.63 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16483  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1507  RND family efflux transporter MFP subunit  36.91 
 
 		 393 aa  227  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.679392  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1916  RND family efflux transporter MFP subunit  39 
 
 		 401 aa  224  3e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.82 
 
 		 387 aa  219  6e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000959286  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1054  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.78 
 
 		 400 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.153115  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.26 
 
 		 396 aa  218  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.21 
 
 		 419 aa  218  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1011  RND family efflux transporter MFP subunit  37.25 
 
 		 402 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.43 
 
 		 389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0078  putative secretion protein HlyD  36.66 
 
 		 409 aa  209  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6250  RND family efflux transporter MFP subunit  37.92 
 
 		 388 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0064  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 522 aa  207  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1419  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.58 
 
 		 387 aa  206  5e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.267588  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2959  RND family efflux transporter MFP subunit  43.68 
 
 		 393 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2204  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 		 411 aa  203  4e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311908 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1123  secretion protein HlyD  36.82 
 
 		 401 aa  203  6e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.18847  normal  0.38508 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1573  RND family efflux transporter MFP subunit  40.79 
 
 		 399 aa  200  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5171  secretion protein HlyD  35.97 
 
 		 395 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.345793  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0300  RND family efflux transporter MFP subunit  40.2 
 
 		 407 aa  195  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4211  RND family efflux transporter MFP subunit  40.73 
 
 		 398 aa  194  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2283  RND family efflux transporter MFP subunit  36.18 
 
 		 398 aa  194  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181226  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.41 
 
 		 391 aa  192  7e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4499  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.41 
 
 		 391 aa  192  7e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.0635316 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3585  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 389 aa  179  8e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2658  secretion protein HlyD  44.33 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.253454  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.23 
 
 		 393 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2749  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.23 
 
 		 393 aa  146  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.130988  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 391 aa  100  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 435 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  28.31 
 
 		 392 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 387 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1147  RND family efflux transporter MFP subunit  36.76 
 
 		 395 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  25.31 
 
 		 384 aa  73.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  24.69 
 
 		 431 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.82 
 
 		 453 aa  64.7  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.87 
 
 		 442 aa  63.2  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 423 aa  63.2  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1431  secretion protein HlyD  26.84 
 
 		 361 aa  62.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.817689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 476 aa  61.6  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1668  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.223118  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.53 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 407 aa  60.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1766  heavy metal efflux system protein, putative  26.48 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 385 aa  60.1  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  24.76 
 
 		 607 aa  60.1  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 431 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2587  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.897533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  22.97 
 
 		 373 aa  59.3  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.4 
 
 		 377 aa  59.7  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  21.8 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.43 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.08 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 438 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  22.86 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 461 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3403  HlyD family secretion protein  26.8 
 
 		 401 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00376035  normal  0.420161 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 		 438 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  26.14 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 		 409 aa  55.8  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.55 
 
 		 432 aa  55.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  26.93 
 
 		 378 aa  55.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  24.77 
 
 		 455 aa  54.7  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 377 aa  54.3  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 406 aa  54.3  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 401 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.140483  hitchhiker  0.000000766037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 438 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.34 
 
 		 405 aa  53.1  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0207  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 400 aa  53.1  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000100142 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0231  RND family efflux transporter MFP subunit  25.92 
 
 		 401 aa  53.1  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 421 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 388 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  24.43 
 
 		 385 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  28.31 
 
 		 473 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2802  secretion protein HlyD  26.2 
 
 		 401 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0304  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 		 401 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0944915  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  31.9 
 
 		 397 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0330  ABC exporter membrane fusion protein, DevB family  30.13 
 
 		 398 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.636273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.16 
 
 		 397 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 421 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.66 
 
 		 414 aa  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  25.99 
 
 		 420 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>