More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2753 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  626  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 		 316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 317 aa  300  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  51.41 
 
 		 322 aa  299  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  50.8 
 
 		 308 aa  292  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 336 aa  176  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  34.28 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 297 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  159  8e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 297 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  32.86 
 
 		 318 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  29.93 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  34.63 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 340 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.2 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  36.25 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.81 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.53 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.37 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.07 
 
 		 295 aa  96.3  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 315 aa  95.9  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.07 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.77 
 
 		 292 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  48.51 
 
 		 313 aa  92.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 308 aa  90.1  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 308 aa  89.7  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 319 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 311 aa  89  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 350 aa  86.3  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.47 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.92 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  31.76 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.57 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>