More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0985 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 83 aa  166  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 100 aa  99  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 76 aa  96.3  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 75 aa  69.7  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 87 aa  63.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 72 aa  62.4  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 72 aa  60.5  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  46.97 
 
 		 87 aa  60.5  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 84 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 90 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.94 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  43.08 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 101 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 79 aa  57  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 		 72 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  46.97 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 77 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  48.15 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  40.3 
 
 		 77 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  48.15 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  54 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  54 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 74 aa  53.9  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 93 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 78 aa  52.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  53.5  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.62 
 
 		 129 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 78 aa  53.5  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 178 aa  52.8  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 75 aa  52.8  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 207 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 177 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 199 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 187 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 190 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 83 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 177 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 76 aa  51.6  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 154 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 233 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 75 aa  51.2  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  37.18 
 
 		 233 aa  51.2  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 		 82 aa  51.2  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 84 aa  51.2  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 120 aa  50.8  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 188 aa  51.2  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 230 aa  50.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  39.68 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  32.35 
 
 		 87 aa  50.4  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 69 aa  50.4  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 215 aa  50.4  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 91 aa  50.4  0.000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  47.46 
 
 		 196 aa  50.4  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 90 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  54.9 
 
 		 189 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  40.3 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 187 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 74 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 74 aa  50.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 206 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 79 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  45.76 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.94 
 
 		 189 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  43.08 
 
 		 192 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 209 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3268  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 209 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>