More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0111 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 681 aa  1384    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  41.31 
 
 		 699 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  41.31 
 
 		 671 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  40.99 
 
 		 652 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  37.67 
 
 		 680 aa  422  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1383  TonB-dependent receptor  35.87 
 
 		 702 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00790883  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  35.16 
 
 		 673 aa  332  1e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 675 aa  298  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  34.28 
 
 		 696 aa  295  2e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2952  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 645 aa  284  5.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.771516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3850  TonB-dependent receptor  32.36 
 
 		 671 aa  265  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.302325  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1229  TonB-dependent receptor plug  32.34 
 
 		 662 aa  264  4e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 705 aa  195  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 710 aa  156  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  26.86 
 
 		 641 aa  139  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  25.99 
 
 		 670 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 742 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  26.5 
 
 		 732 aa  122  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  25.81 
 
 		 641 aa  120  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 613 aa  120  6e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  25.98 
 
 		 663 aa  120  9e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  25.81 
 
 		 663 aa  118  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  25.81 
 
 		 663 aa  118  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  25.81 
 
 		 663 aa  118  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  26.37 
 
 		 659 aa  117  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  25.64 
 
 		 663 aa  117  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  25.64 
 
 		 663 aa  117  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  26.72 
 
 		 650 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  25.27 
 
 		 704 aa  117  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  26.55 
 
 		 650 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  26.55 
 
 		 650 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  26.39 
 
 		 650 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 641 aa  112  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  25.23 
 
 		 639 aa  112  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  26.88 
 
 		 650 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2576  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 783 aa  111  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138902 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  25.89 
 
 		 656 aa  111  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 657 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 648 aa  108  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 680 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  24.38 
 
 		 633 aa  105  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 643 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 620 aa  103  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 714 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  24.87 
 
 		 686 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  31.02 
 
 		 678 aa  102  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  25.14 
 
 		 680 aa  101  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 726 aa  99  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  38.98 
 
 		 713 aa  98.6  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 709 aa  97.8  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  27.59 
 
 		 623 aa  97.1  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 688 aa  95.9  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.87 
 
 		 623 aa  95.9  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  32.16 
 
 		 676 aa  95.5  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  31.07 
 
 		 615 aa  93.2  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  24.74 
 
 		 668 aa  93.6  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.65 
 
 		 653 aa  92.8  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25.93 
 
 		 695 aa  92.4  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  25.32 
 
 		 659 aa  92.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  31.5 
 
 		 680 aa  92.8  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  28.92 
 
 		 642 aa  91.3  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 649 aa  91.3  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 692 aa  91.3  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  25.48 
 
 		 671 aa  90.9  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 715 aa  91.3  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  36.88 
 
 		 656 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.85 
 
 		 619 aa  90.1  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  41.5 
 
 		 700 aa  89.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 602 aa  89.7  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 681 aa  89  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2675  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 667 aa  88.2  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 670 aa  88.2  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25 
 
 		 615 aa  88.2  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 737 aa  88.2  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 762 aa  88.2  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.36 
 
 		 762 aa  87.8  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  31.79 
 
 		 718 aa  87  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  23.57 
 
 		 647 aa  87  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2900  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.79 
 
 		 686 aa  86.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  33.68 
 
 		 655 aa  86.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.98 
 
 		 615 aa  86.3  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 614 aa  85.5  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3636  TonB-dependent receptor  37.21 
 
 		 804 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000134979  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 		 611 aa  85.5  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  40.15 
 
 		 698 aa  84.7  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  32.38 
 
 		 740 aa  84.3  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  25 
 
 		 593 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 679 aa  83.2  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  32.66 
 
 		 710 aa  83.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  33.56 
 
 		 665 aa  84  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  38.69 
 
 		 658 aa  83.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  40.28 
 
 		 702 aa  82.4  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 679 aa  83.2  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  37.88 
 
 		 697 aa  82.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.28 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  39.31 
 
 		 743 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.9 
 
 		 631 aa  81.6  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2640  4Fe-4S cluster binding  23.79 
 
 		 675 aa  80.9  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.956592  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.28 
 
 		 614 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  23.38 
 
 		 684 aa  80.9  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>