77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1365 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  100 
 
 		 348 aa  725    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  47.21 
 
 		 355 aa  246  3e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  44.85 
 
 		 317 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  43.37 
 
 		 440 aa  169  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  43.37 
 
 		 327 aa  169  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  32.35 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  30.17 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  30.97 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  40 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  39.89 
 
 		 271 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  30.29 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  30.29 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  39.34 
 
 		 281 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  30.85 
 
 		 230 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  28.65 
 
 		 285 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  39.77 
 
 		 272 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  35.71 
 
 		 252 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  35.27 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  36.14 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  52.69 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  26.92 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  44.57 
 
 		 154 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  36.7 
 
 		 421 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  34.17 
 
 		 585 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  31.82 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  57.14 
 
 		 251 aa  55.5  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  42.62 
 
 		 254 aa  54.7  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  54.05 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2800  hypothetical protein  37.61 
 
 		 313 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0352822  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  33.04 
 
 		 493 aa  53.9  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  44.44 
 
 		 258 aa  53.5  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  35.11 
 
 		 374 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  54.29 
 
 		 257 aa  52.8  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  27.91 
 
 		 260 aa  52.8  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  34.78 
 
 		 799 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  34.78 
 
 		 799 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0041  hypothetical protein  33.62 
 
 		 338 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.777357  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  31.39 
 
 		 182 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  28.36 
 
 		 349 aa  50.8  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3686  restriction endonuclease  32.29 
 
 		 421 aa  50.8  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  31.82 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  35.44 
 
 		 730 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  52.78 
 
 		 260 aa  49.3  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  43.59 
 
 		 267 aa  49.3  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  45.95 
 
 		 329 aa  48.9  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  50 
 
 		 230 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1559  restriction endonuclease  27.69 
 
 		 193 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000151262 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  32.56 
 
 		 182 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  50 
 
 		 739 aa  47.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  29.35 
 
 		 326 aa  46.6  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  51.52 
 
 		 267 aa  46.6  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  45.95 
 
 		 338 aa  46.6  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  27.36 
 
 		 386 aa  46.2  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  24.8 
 
 		 346 aa  45.8  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  24.09 
 
 		 154 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  24.09 
 
 		 154 aa  45.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  46.94 
 
 		 670 aa  45.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  24.09 
 
 		 154 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  24.19 
 
 		 125 aa  45.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11061  hypothetical protein  31.13 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 744 aa  45.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  44.9 
 
 		 676 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1526  DNA topoisomerase I  34.04 
 
 		 696 aa  44.3  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000864041  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  44.9 
 
 		 676 aa  44.3  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  40.48 
 
 		 262 aa  44.3  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1543  hypothetical protein  24.77 
 
 		 192 aa  43.9  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  44.9 
 
 		 670 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  43.9  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  43.9  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  43.9  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  45.45 
 
 		 256 aa  43.5  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  44.9 
 
 		 670 aa  43.9  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  25.47 
 
 		 403 aa  43.5  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04183  hypothetical protein  26.95 
 
 		 304 aa  42.7  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3646  restriction endonuclease  26.95 
 
 		 304 aa  43.1  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  25.21 
 
 		 400 aa  43.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04217  methylated adenine and cytosine restriction protein  26.95 
 
 		 304 aa  42.7  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>