More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1373 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1373  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 607 aa  1182    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.082287 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5142  preprotein translocase subunit SecD  65.51 
 
 		 680 aa  732    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75892  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6109  Preprotein translocase subunit SecD-like protein  43.59 
 
 		 581 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17550  protein-export membrane protein SecD  40.66 
 
 		 714 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.122587 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2113  protein-export membrane protein SecD  45.16 
 
 		 584 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110466  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1798  protein-export membrane protein SecD  41.73 
 
 		 606 aa  381  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.427171  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3051  protein-export membrane protein SecD  40.57 
 
 		 684 aa  370  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1996  protein-export membrane protein SecD  39.39 
 
 		 670 aa  362  2e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.391205  normal  0.0633632 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2389  preprotein translocase subunit SecD  42.48 
 
 		 564 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1695  protein-export membrane protein SecD  41.93 
 
 		 632 aa  351  3e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1812  protein-export membrane protein SecD  40.24 
 
 		 666 aa  346  6e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.279659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1366  protein-export membrane protein SecD  36.29 
 
 		 620 aa  344  2.9999999999999997e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.25927 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15310  protein-export membrane protein SecD  40.24 
 
 		 640 aa  342  9e-93  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.540675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3174  protein-export membrane protein SecD  53.43 
 
 		 566 aa  329  7e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.761403  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13980  protein-export membrane protein SecD  39.35 
 
 		 661 aa  328  2.0000000000000001e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2356  protein-export membrane protein SecD  46.6 
 
 		 674 aa  327  6e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2029  preprotein translocase subunit SecD  38.42 
 
 		 585 aa  323  7e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000877869 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1942  protein-export membrane protein SecD  41.56 
 
 		 538 aa  318  3e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0269026  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15100  protein-export membrane protein SecD  50 
 
 		 603 aa  315  9.999999999999999e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2061  protein-export membrane protein SecD  40.44 
 
 		 547 aa  313  4.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.789489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1341  preprotein translocase subunit SecD  48.02 
 
 		 605 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.022847  normal  0.845506 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3824  protein-export membrane protein SecD  45.63 
 
 		 656 aa  297  4e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.221724  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1802  protein-export membrane protein SecD  46.91 
 
 		 653 aa  296  7e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.414477  decreased coverage  0.00000714928 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2299  preprotein translocase subunit SecD  40.94 
 
 		 585 aa  295  1e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3816  preprotein translocase subunit SecD  49.7 
 
 		 617 aa  286  8e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.258625  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12860  protein-export membrane protein SecD  47.51 
 
 		 620 aa  285  1.0000000000000001e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.258671  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2304  protein-export membrane protein SecD  49.56 
 
 		 550 aa  285  1.0000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2583  preprotein translocase subunit SecD  46.71 
 
 		 599 aa  273  5.000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.321622  normal  0.917688 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3391  protein-export membrane protein SecD  48.8 
 
 		 649 aa  270  7e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000226578  hitchhiker  0.0000733205 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1670  protein-export membrane protein SecD  43.07 
 
 		 635 aa  264  3e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12607  preprotein translocase subunit SecD  48.22 
 
 		 573 aa  257  5e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.455392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2315  preprotein translocase subunit SecD  46.41 
 
 		 598 aa  250  5e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534551  normal  0.509852 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2276  preprotein translocase subunit SecD  46.41 
 
 		 598 aa  250  5e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2323  preprotein translocase subunit SecD  46.41 
 
 		 598 aa  250  5e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388488  normal  0.491542 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0945  protein-export membrane protein SecD  44.15 
 
 		 496 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  30.81 
 
 		 989 aa  186  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  38.75 
 
 		 534 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  38.14 
 
 		 533 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  28.41 
 
 		 532 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  38.41 
 
 		 533 aa  174  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  39.06 
 
 		 530 aa  173  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  33.09 
 
 		 900 aa  173  6.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  38.28 
 
 		 532 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 		 533 aa  171  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  38.28 
 
 		 532 aa  170  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  37.54 
 
 		 533 aa  170  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  34.1 
 
 		 445 aa  169  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000019832  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  36.43 
 
 		 594 aa  169  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  36.43 
 
 		 594 aa  169  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  29.7 
 
 		 533 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  37.37 
 
 		 533 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.86 
 
 		 856 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  36.88 
 
 		 532 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  37.89 
 
 		 533 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  37.89 
 
 		 530 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  37.89 
 
 		 531 aa  165  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.79 
 
 		 995 aa  165  3e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0067  protein-export membrane protein SecD  38.31 
 
 		 465 aa  162  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  28.39 
 
 		 1029 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  35.93 
 
 		 411 aa  162  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  37.92 
 
 		 525 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  36.68 
 
 		 531 aa  161  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  41.31 
 
 		 533 aa  161  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  27.83 
 
 		 613 aa  161  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  37.36 
 
 		 535 aa  161  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  36.62 
 
 		 457 aa  161  4e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  31.79 
 
 		 977 aa  160  5e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  27.17 
 
 		 613 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  31.88 
 
 		 855 aa  160  7e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0067  protein-export membrane protein SecD  37.93 
 
 		 465 aa  160  8e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  38.52 
 
 		 759 aa  159  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1116  protein-export membrane protein SecD  31.56 
 
 		 472 aa  158  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.887298  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  35.66 
 
 		 531 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.8 
 
 		 853 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  33.22 
 
 		 403 aa  157  5.0000000000000005e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  37.21 
 
 		 554 aa  157  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  35.82 
 
 		 406 aa  157  8e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  36.54 
 
 		 622 aa  156  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.21 
 
 		 981 aa  156  1e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  36.4 
 
 		 410 aa  155  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  35.63 
 
 		 533 aa  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  34.21 
 
 		 535 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  37.89 
 
 		 533 aa  154  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  36.71 
 
 		 464 aa  154  4e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  28.03 
 
 		 613 aa  154  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  37.04 
 
 		 461 aa  154  5.9999999999999996e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  37.15 
 
 		 524 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.09 
 
 		 848 aa  153  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  38.52 
 
 		 530 aa  153  8e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  33.44 
 
 		 473 aa  152  1e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  35.08 
 
 		 413 aa  152  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  34.95 
 
 		 487 aa  152  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.06 
 
 		 849 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  36.95 
 
 		 512 aa  151  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27 
 
 		 990 aa  151  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  39.06 
 
 		 534 aa  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  36.68 
 
 		 740 aa  151  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  35.45 
 
 		 594 aa  151  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  37.98 
 
 		 554 aa  150  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  35.58 
 
 		 423 aa  150  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>