More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2651 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2651  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 383 aa  754    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2299  dihydrouridine synthase, DuS  69.28 
 
 		 332 aa  473  1e-132  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.755764 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  62.37 
 
 		 376 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1780  dihydrouridine synthase DuS  54.2 
 
 		 340 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0483  dihydrouridine synthase DuS  44.41 
 
 		 341 aa  277  3e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.322917 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.87 
 
 		 322 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.74 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  33.12 
 
 		 326 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.12 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  36.18 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.64 
 
 		 350 aa  160  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  39 
 
 		 352 aa  160  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  32.49 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.12 
 
 		 370 aa  159  8e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.02 
 
 		 357 aa  159  8e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.01 
 
 		 333 aa  159  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.44 
 
 		 337 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  34.57 
 
 		 351 aa  155  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  36.9 
 
 		 325 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  35.59 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.89 
 
 		 324 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  29.77 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.54 
 
 		 351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  30.79 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.29 
 
 		 321 aa  153  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 		 333 aa  152  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  33.65 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  32.25 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  29.04 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  29.04 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.44 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.17 
 
 		 321 aa  150  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.62 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.92 
 
 		 322 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.13 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.94 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.9 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.31 
 
 		 362 aa  147  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.44 
 
 		 337 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.79 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.18 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  35.27 
 
 		 332 aa  145  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.27 
 
 		 332 aa  145  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.18 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.18 
 
 		 332 aa  145  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.05 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.93 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.93 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.05 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.8 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.93 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.4 
 
 		 321 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  29.45 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.44 
 
 		 351 aa  143  4e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  33 
 
 		 332 aa  144  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.56 
 
 		 331 aa  143  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.8 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.27 
 
 		 335 aa  143  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  30.06 
 
 		 343 aa  142  8e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 		 356 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  33.47 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  33.74 
 
 		 325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.05 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.01 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.84 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.9 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2773  hypothetical protein  31.2 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 		 393 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.47 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.44 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.13 
 
 		 329 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.9 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.75 
 
 		 379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.01 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  35.86 
 
 		 370 aa  139  6e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2919  hypothetical protein  31.2 
 
 		 328 aa  139  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.78 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.61 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.97 
 
 		 333 aa  139  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  30.75 
 
 		 356 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.71 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.19 
 
 		 356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.58 
 
 		 406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  33.1 
 
 		 332 aa  137  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 		 334 aa  137  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.08 
 
 		 327 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  30.93 
 
 		 336 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.56 
 
 		 323 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.27 
 
 		 381 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  36.48 
 
 		 378 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.73 
 
 		 327 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.36 
 
 		 321 aa  136  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.03 
 
 		 332 aa  136  8e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.11 
 
 		 336 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.11 
 
 		 336 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  34.75 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  33.46 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>