More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0761 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0761  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 312 aa  613  9.999999999999999e-175  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.634886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2749  tRNA pseudouridine synthase B  45.89 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3007  tRNA pseudouridine synthase B  42.77 
 
 		 322 aa  228  7e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  40.12 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.02 
 
 		 340 aa  172  9e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.74 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.36 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  32.34 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  33.92 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  34.88 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  34.28 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  33.92 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  33.83 
 
 		 309 aa  162  9e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  33.81 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  34.28 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  33.92 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  36.68 
 
 		 241 aa  160  4e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  33.92 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  33.92 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  44.21 
 
 		 327 aa  159  4e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  33.92 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  33.92 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  34.4 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  33.57 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  33.63 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  34.49 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  36.17 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  43.72 
 
 		 371 aa  156  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  35.09 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  33.05 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 333 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  32.99 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  36.56 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  32.28 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  37.99 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  37.99 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  36.13 
 
 		 244 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  35.19 
 
 		 344 aa  149  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  34.44 
 
 		 232 aa  149  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 311 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.61 
 
 		 225 aa  149  8e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 		 302 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 310 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  34.77 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  33.87 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  35.53 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  35.53 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  28.62 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  32.56 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  31.83 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  35.62 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  36.68 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>