More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0872 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  100 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  64.09 
 
 		 303 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  60.98 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  56.38 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  53.82 
 
 		 302 aa  317  2e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  40.85 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  40.38 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  38.58 
 
 		 336 aa  207  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  40.59 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  36.88 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  38.16 
 
 		 313 aa  195  9e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  37.61 
 
 		 346 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  36.98 
 
 		 346 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  35 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  33.63 
 
 		 340 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  39.22 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  35.88 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  35.88 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  39.74 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  35.88 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  37.67 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  39.81 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  35.88 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  35.55 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  35.55 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  35.55 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  35.55 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  38.78 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  35.55 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  38.98 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  38.98 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  38.24 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  38.67 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  38.82 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  38.82 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  38.82 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  38.82 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  38.49 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  38.82 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  37.7 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  38.1 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  38.33 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  33.56 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  38.82 
 
 		 306 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  36.07 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  34.88 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  36.42 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  38.38 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  40.33 
 
 		 331 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  38 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  38.49 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  38.49 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1522  D-alanine--D-alanine ligase  35 
 
 		 301 aa  179  8e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0539481  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  40.4 
 
 		 331 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  38.72 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1312  D-alanine--D-alanine ligase  35 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0281442  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.69 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  37.67 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  38.69 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  38.69 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  38.69 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  34.63 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  35.29 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  37.76 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  37 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  36.34 
 
 		 342 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  34.45 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  38.67 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  36.6 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  35.74 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  33.11 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  37.42 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  37.22 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  37.04 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  37.04 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  35.78 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  35.74 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  37.29 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  36.82 
 
 		 313 aa  168  9e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  37.34 
 
 		 309 aa  168  9e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  33.89 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  37.16 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  37.62 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0729  D-alanyl-alanine synthetase A  33.94 
 
 		 330 aa  166  2.9999999999999998e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  36.54 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  36.73 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  40.2 
 
 		 331 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1078  D-alanine/D-alanine ligase  33 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  35.88 
 
 		 318 aa  165  9e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  35.29 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  34.77 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  36.15 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  36.01 
 
 		 327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  34.65 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  36.69 
 
 		 329 aa  162  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>