More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3836 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 240 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  54.63 
 
 		 262 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  53.3 
 
 		 262 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  56.94 
 
 		 236 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  52.84 
 
 		 254 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  49.33 
 
 		 228 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 247 aa  215  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  49.11 
 
 		 228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 255 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  50.7 
 
 		 233 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 252 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  48.36 
 
 		 252 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  44.64 
 
 		 266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  47 
 
 		 246 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 239 aa  199  5e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 254 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 231 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 243 aa  96.7  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 243 aa  92.8  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 232 aa  92.4  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 233 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 233 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 233 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16960  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 229 aa  89.7  5e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.916885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 233 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 242 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  32.74 
 
 		 236 aa  89.4  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 241 aa  87  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 219 aa  85.5  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 396 aa  85.1  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 242 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  26.61 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 265 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  26.16 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  30.39 
 
 		 237 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4862  transcriptional regulator, GntR family  26.87 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556045  normal  0.353938 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  31.28 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3670  transcriptional regulator, GntR family  27.09 
 
 		 236 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 219 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.26 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  28.25 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0790  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 234 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 254 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 218 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 233 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 233 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  27.43 
 
 		 234 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 228 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 239 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  28.16 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6333  transcriptional regulator, GntR family  27.01 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5600  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  27.55 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4855  GntR domain-containing protein  31.16 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0726  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>