More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3510 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  612  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  69.39 
 
 		 305 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  65.64 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 303 aa  268  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 291 aa  232  5e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  44.21 
 
 		 290 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 321 aa  215  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 296 aa  133  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.62 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 386 aa  122  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 287 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.76 
 
 		 311 aa  105  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 290 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 288 aa  99  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 288 aa  99  8e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 288 aa  99  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 288 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 288 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 292 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.76 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  29.31 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>