161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_1048 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  589  1e-167  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  31 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 326 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 291 aa  89  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  26.6 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  31.82 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.71 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  32.03 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  22.26 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  22.89 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  28.05 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  26.74 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  27.69 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  26.37 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 279 aa  55.8  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.22 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  23.42 
 
 		 314 aa  54.3  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  28.16 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  21.78 
 
 		 292 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 279 aa  54.3  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 294 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 314 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.14 
 
 		 288 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 294 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  23.73 
 
 		 277 aa  52.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 276 aa  52.4  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 281 aa  52.4  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  24.49 
 
 		 310 aa  52.4  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 277 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 303 aa  51.6  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 286 aa  51.6  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 314 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  25.37 
 
 		 297 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 292 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 289 aa  51.2  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  25.12 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  22.97 
 
 		 314 aa  50.4  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  27.13 
 
 		 282 aa  50.4  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 305 aa  50.4  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 292 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 315 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 272 aa  50.4  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  19.69 
 
 		 285 aa  50.4  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 294 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 284 aa  50.4  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 284 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 319 aa  49.7  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  23.46 
 
 		 284 aa  49.3  0.00006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  19.17 
 
 		 285 aa  49.3  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  26.57 
 
 		 280 aa  49.3  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 314 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 290 aa  48.5  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>