More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2484 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
220 aa  448  1e-125  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.87 
 
 
217 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
217 aa  253  2.0000000000000002e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.29 
 
 
211 aa  252  2.0000000000000002e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.5 
 
 
219 aa  249  2e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
218 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
221 aa  246  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.36 
 
 
219 aa  246  3e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.35 
 
 
222 aa  245  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  54.11 
 
 
224 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.09 
 
 
216 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.67 
 
 
222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.71 
 
 
220 aa  242  3e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.52 
 
 
236 aa  241  5e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
225 aa  241  5e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.5 
 
 
218 aa  241  7e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  58 
 
 
215 aa  240  1e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.33 
 
 
232 aa  239  2e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.31 
 
 
247 aa  240  2e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.5 
 
 
221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.61 
 
 
227 aa  238  4e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
214 aa  238  5e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1649  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.19 
 
 
221 aa  238  6.999999999999999e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.31 
 
 
229 aa  238  6.999999999999999e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.67 
 
 
221 aa  237  8e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
234 aa  236  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.78 
 
 
235 aa  236  2e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.58 
 
 
238 aa  236  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.61 
 
 
235 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.58 
 
 
234 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.58 
 
 
234 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.13 
 
 
264 aa  236  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.85 
 
 
224 aa  236  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.8 
 
 
214 aa  235  3e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.5 
 
 
224 aa  235  3e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58 
 
 
221 aa  234  6e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  56 
 
 
224 aa  234  7e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  53 
 
 
221 aa  234  8e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  53 
 
 
221 aa  234  8e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.28 
 
 
233 aa  234  9e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.77 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.77 
 
 
235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58 
 
 
225 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.11 
 
 
221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.27 
 
 
221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  52 
 
 
221 aa  231  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.5 
 
 
221 aa  231  6e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.77 
 
 
220 aa  230  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53 
 
 
217 aa  229  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.27 
 
 
221 aa  230  2e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.73 
 
 
224 aa  229  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.3 
 
 
217 aa  229  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  52 
 
 
231 aa  229  3e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.03 
 
 
230 aa  228  4e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.22 
 
 
225 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.27 
 
 
219 aa  228  6e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.24 
 
 
218 aa  227  1e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.77 
 
 
223 aa  225  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.76 
 
 
221 aa  225  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.69 
 
 
230 aa  225  4e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.53 
 
 
224 aa  225  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  54.77 
 
 
265 aa  225  4e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0481  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.52 
 
 
242 aa  225  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.39 
 
 
228 aa  224  9e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.5 
 
 
225 aa  223  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.8 
 
 
226 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
223 aa  223  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.91 
 
 
227 aa  223  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.6 
 
 
216 aa  223  2e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  51 
 
 
225 aa  222  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  54 
 
 
221 aa  221  4.9999999999999996e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.67 
 
 
220 aa  221  4.9999999999999996e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  56 
 
 
221 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.27 
 
 
221 aa  221  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.67 
 
 
221 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.28 
 
 
232 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.04 
 
 
233 aa  220  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
227 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0977  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.01 
 
 
219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.213833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.02 
 
 
232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
229 aa  219  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.76 
 
 
220 aa  219  3e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.76 
 
 
220 aa  219  3e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.5 
 
 
225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0712  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.32 
 
 
225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.74 
 
 
223 aa  218  7e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.2 
 
 
211 aa  218  7e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.76 
 
 
225 aa  218  7e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.73 
 
 
225 aa  218  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.24 
 
 
231 aa  217  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2075  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.92 
 
 
224 aa  217  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.982574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>