More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5332 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
233 aa  471  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  86.27 
 
 
233 aa  411  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  85.41 
 
 
232 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2218  ribulose-phosphate 3-epimerase  83.26 
 
 
233 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1614  ribulose-phosphate 3-epimerase  87.39 
 
 
231 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.987779  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  83.77 
 
 
232 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  83.86 
 
 
232 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.82 
 
 
226 aa  321  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.85 
 
 
227 aa  317  7e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.67 
 
 
225 aa  316  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  73.73 
 
 
223 aa  311  6.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  68.78 
 
 
225 aa  310  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.61 
 
 
227 aa  308  5e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.33 
 
 
225 aa  307  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.11 
 
 
225 aa  307  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.3 
 
 
225 aa  306  2.0000000000000002e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  67.42 
 
 
227 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.82 
 
 
225 aa  304  7e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.42 
 
 
234 aa  291  6e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.57 
 
 
225 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  63.76 
 
 
220 aa  286  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.26 
 
 
230 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.49 
 
 
219 aa  281  7.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.78 
 
 
243 aa  281  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  69.23 
 
 
227 aa  279  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.43 
 
 
228 aa  278  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.52 
 
 
228 aa  276  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.02 
 
 
221 aa  275  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  65.44 
 
 
219 aa  274  9e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1198  Ribulose-phosphate 3-epimerase  73.27 
 
 
227 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00622607 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.35 
 
 
236 aa  273  2.0000000000000002e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.53 
 
 
235 aa  271  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.18 
 
 
223 aa  269  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1430  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.49 
 
 
236 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0377706 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.65 
 
 
235 aa  266  2e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2864  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.49 
 
 
236 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.56 
 
 
226 aa  265  5.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.03 
 
 
235 aa  264  7e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.15 
 
 
234 aa  264  8.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.15 
 
 
234 aa  264  8.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.18 
 
 
226 aa  261  6.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.38 
 
 
247 aa  260  1e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.93 
 
 
224 aa  259  3e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.31 
 
 
244 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.77 
 
 
236 aa  257  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.65 
 
 
264 aa  257  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.5 
 
 
223 aa  257  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.33 
 
 
227 aa  255  4e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.57 
 
 
220 aa  253  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3006  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.29 
 
 
232 aa  251  7e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.61 
 
 
225 aa  251  1e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.82 
 
 
238 aa  249  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.21 
 
 
221 aa  248  8e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.96 
 
 
225 aa  247  9e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.85 
 
 
224 aa  247  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.45 
 
 
222 aa  247  1e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58.06 
 
 
220 aa  246  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.06 
 
 
220 aa  246  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.62 
 
 
221 aa  244  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.38 
 
 
218 aa  241  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
220 aa  241  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.02 
 
 
221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.02 
 
 
221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.68 
 
 
221 aa  238  8e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.87 
 
 
231 aa  236  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.87 
 
 
230 aa  236  2e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.92 
 
 
234 aa  236  3e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
224 aa  235  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
224 aa  235  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  7e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.57 
 
 
221 aa  234  9e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.92 
 
 
214 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3756  ribulose-phosphate 3-epimerase  55 
 
 
225 aa  234  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.45 
 
 
214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  55.94 
 
 
265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2756  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.26 
 
 
241 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.45 
 
 
214 aa  233  3e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3121  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.68 
 
 
241 aa  232  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.798582  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.09 
 
 
223 aa  232  3e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.05 
 
 
224 aa  233  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.79 
 
 
219 aa  231  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  52 
 
 
224 aa  231  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.02 
 
 
243 aa  231  6e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.87 
 
 
228 aa  231  9e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.05 
 
 
227 aa  230  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.25 
 
 
221 aa  229  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.81 
 
 
233 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.56 
 
 
221 aa  229  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.3 
 
 
230 aa  229  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2879  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.12 
 
 
242 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.403873  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.36 
 
 
219 aa  229  3e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.56 
 
 
224 aa  228  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.7 
 
 
228 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.5 
 
 
214 aa  229  4e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>