More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8641 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 320 aa  636    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  55.95 
 
 		 322 aa  310  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 317 aa  308  6.999999999999999e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.09 
 
 		 320 aa  302  6.000000000000001e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  52.53 
 
 		 324 aa  296  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  52.78 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.48 
 
 		 318 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 318 aa  282  5.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.58 
 
 		 324 aa  279  5e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.16 
 
 		 327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.71 
 
 		 317 aa  272  6e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  50.31 
 
 		 319 aa  270  2e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  46.08 
 
 		 317 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.08 
 
 		 317 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47 
 
 		 313 aa  263  3e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.06 
 
 		 317 aa  263  3e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.47 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.49 
 
 		 332 aa  260  3e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.48 
 
 		 336 aa  250  3e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.94 
 
 		 317 aa  249  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.45 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.65 
 
 		 324 aa  241  7.999999999999999e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  46.52 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 360 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 333 aa  236  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.91 
 
 		 335 aa  235  9e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.25 
 
 		 327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.64 
 
 		 317 aa  232  7.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.04 
 
 		 325 aa  231  1e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.71 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.81 
 
 		 318 aa  230  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 332 aa  225  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.97 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.01 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.64 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.86 
 
 		 325 aa  209  5e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.88 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.95 
 
 		 339 aa  203  4e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.31 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.67 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.93 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.26 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.81 
 
 		 327 aa  197  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.4 
 
 		 322 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.43 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  40.88 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.13 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.86 
 
 		 320 aa  170  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.19 
 
 		 326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.85 
 
 		 339 aa  166  4e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.76 
 
 		 317 aa  165  8e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  41.6 
 
 		 238 aa  156  5.0000000000000005e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.41 
 
 		 337 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.41 
 
 		 333 aa  142  9e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.24 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.29 
 
 		 324 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.05 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.87 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  34.38 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.82 
 
 		 319 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.75 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.15 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.68 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  31.45 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  34.74 
 
 		 228 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 333 aa  113  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.68 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 		 229 aa  109  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.1 
 
 		 317 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.89 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  33.97 
 
 		 226 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  34.26 
 
 		 228 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  34.26 
 
 		 228 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.54 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.41 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.81 
 
 		 232 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.14 
 
 		 315 aa  99.4  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 231 aa  99  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  32.56 
 
 		 230 aa  99  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 230 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.33 
 
 		 230 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36 
 
 		 240 aa  96.3  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.67 
 
 		 230 aa  96.3  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  32.86 
 
 		 230 aa  95.9  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.48 
 
 		 237 aa  95.9  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.51 
 
 		 232 aa  95.9  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.51 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.72 
 
 		 231 aa  94.4  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.38 
 
 		 230 aa  93.2  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 234 aa  93.2  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.35 
 
 		 229 aa  93.2  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.38 
 
 		 232 aa  92.8  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.17 
 
 		 324 aa  92.8  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.02 
 
 		 232 aa  92.4  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.38 
 
 		 232 aa  92  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  28.25 
 
 		 235 aa  91.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.24 
 
 		 229 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>