More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3679 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 318 aa  663    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  52.17 
 
 		 283 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  53.9 
 
 		 282 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  48.68 
 
 		 287 aa  264  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  48.48 
 
 		 281 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  46.49 
 
 		 305 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 300 aa  232  5e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 267 aa  186  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.12 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 204 aa  87.4  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  31.68 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.43 
 
 		 330 aa  86.3  6e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.814185  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  35.37 
 
 		 277 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  27.31 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  28.79 
 
 		 283 aa  84  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  31.74 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  28.79 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.98 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  30.22 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  31.19 
 
 		 255 aa  79  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  28.33 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.44 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  26.56 
 
 		 255 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  32.33 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  26.2 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  26.2 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  30.88 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  30.8 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  32.46 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  35.04 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  26.78 
 
 		 396 aa  77.4  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  26.53 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.14 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.21 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.27 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  30.88 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  26.91 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.1 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  24.4 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  28.8 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  28.43 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.66 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  31.41 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  31.61 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.41 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  32.69 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.65 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  23.44 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000009  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.27 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.05 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  32.3 
 
 		 561 aa  75.1  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.44 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  30.57 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.45 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  26.79 
 
 		 224 aa  75.1  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1120  putative prophage LambdaCh01, recombination protein Bet  28.98 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  28.21 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  25.76 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  25.76 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  30.81 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  28.12 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  37.14 
 
 		 547 aa  74.3  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.68 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  26.69 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.61 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  32.76 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  28.7 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  27.43 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  26.81 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  36.96 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  28.93 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  30.45 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  29.32 
 
 		 356 aa  73.9  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.53 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  31.28 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  29.38 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  33.83 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  29.53 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  29.07 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  28.49 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.86 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.37 
 
 		 543 aa  73.6  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.07 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.58 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  31.29 
 
 		 579 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  35.48 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  29.21 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  28.03 
 
 		 344 aa  72.8  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>