More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0142 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  642    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  85.27 
 
 		 319 aa  555  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 317 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  60.64 
 
 		 321 aa  348  8e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 324 aa  346  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  55.86 
 
 		 337 aa  322  4e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  54.22 
 
 		 331 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  53.4 
 
 		 329 aa  311  9e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 358 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 312 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  54.95 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  56.38 
 
 		 332 aa  297  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  51.59 
 
 		 311 aa  269  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 316 aa  266  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 314 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  50.35 
 
 		 314 aa  265  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 314 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 314 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  50.35 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  53.24 
 
 		 327 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  50 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  50 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  51.64 
 
 		 327 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 316 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  50 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 338 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 314 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 314 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 314 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 325 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.02 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  28.83 
 
 		 282 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.17 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  23.21 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 282 aa  77  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.39 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.39 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.39 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.39 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  27.74 
 
 		 327 aa  75.9  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  23.57 
 
 		 281 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.77 
 
 		 286 aa  75.5  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  26.03 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.7 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.66 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  24 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  28.14 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  27.48 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.51 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  26.14 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  27.92 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.67 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.67 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.67 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.67 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  24.26 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.67 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  28.24 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  30.13 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  25 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  26.47 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  30.13 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  27.1 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  29.49 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>