More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1435 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 		 374 aa  762    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  71.66 
 
 		 374 aa  583  1.0000000000000001e-165  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.13 
 
 		 376 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.94 
 
 		 377 aa  355  6.999999999999999e-97  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.34 
 
 		 376 aa  354  1e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.81 
 
 		 376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.92 
 
 		 374 aa  342  5.999999999999999e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.39 
 
 		 374 aa  339  5.9999999999999996e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  42.78 
 
 		 374 aa  324  1e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.39 
 
 		 378 aa  319  5e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  42.22 
 
 		 379 aa  312  4.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.33 
 
 		 383 aa  311  1e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  42.47 
 
 		 374 aa  308  1.0000000000000001e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  41.87 
 
 		 378 aa  301  1e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.8 
 
 		 408 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.94 
 
 		 380 aa  296  3e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.18 
 
 		 379 aa  296  4e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.07 
 
 		 396 aa  294  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.06 
 
 		 378 aa  294  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.58 
 
 		 375 aa  291  1e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  38.79 
 
 		 379 aa  278  9e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.69 
 
 		 387 aa  270  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.01 
 
 		 378 aa  269  5.9999999999999995e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.8 
 
 		 386 aa  266  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  37.47 
 
 		 402 aa  265  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  38.61 
 
 		 365 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.13 
 
 		 398 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.66 
 
 		 398 aa  262  6.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.58 
 
 		 380 aa  262  8.999999999999999e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  38.6 
 
 		 386 aa  262  8.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.13 
 
 		 398 aa  262  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  38.13 
 
 		 398 aa  262  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  37.66 
 
 		 384 aa  259  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  37.82 
 
 		 398 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.14 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  37.01 
 
 		 402 aa  253  3e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  37.4 
 
 		 396 aa  252  6e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  38.2 
 
 		 377 aa  249  7e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.46 
 
 		 377 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  38.38 
 
 		 379 aa  237  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  36.39 
 
 		 364 aa  231  1e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.74 
 
 		 408 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  32.79 
 
 		 433 aa  192  1e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  32.42 
 
 		 404 aa  182  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.13 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.94 
 
 		 369 aa  152  8e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 375 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.32 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.04 
 
 		 378 aa  135  9.999999999999999e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.33 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.4 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.4 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.26 
 
 		 387 aa  132  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.53 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.62 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  26.54 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.33 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.21 
 
 		 370 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  25.32 
 
 		 382 aa  127  5e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  26.34 
 
 		 378 aa  126  7e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  29.19 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.08 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.34 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  26.41 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  23.47 
 
 		 386 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.86 
 
 		 366 aa  123  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 		 377 aa  122  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.77 
 
 		 380 aa  122  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.31 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.31 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 		 397 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 		 366 aa  120  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.77 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.03 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  26.65 
 
 		 393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  26.65 
 
 		 393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  22.96 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  25.47 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.97 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  25.83 
 
 		 379 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  22.72 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  25.83 
 
 		 379 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.51 
 
 		 372 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  24.61 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.83 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.83 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  26.7 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.03 
 
 		 378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  23.5 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 		 374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.83 
 
 		 379 aa  117  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.14 
 
 		 381 aa  117  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>