88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2685 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2685  hypothetical protein  100 
 
 		 152 aa  317  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.273941  normal  0.254874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1207  Cupin 2 conserved barrel domain protein  59.72 
 
 		 152 aa  191  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.830198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3638  cupin 2 domain-containing protein  59.72 
 
 		 152 aa  191  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.588869  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0320  cupin 2 domain-containing protein  58.87 
 
 		 146 aa  184  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.864661  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3997  cupin 2 domain-containing protein  53.85 
 
 		 148 aa  169  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439431  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6281  hypothetical protein  50.35 
 
 		 149 aa  146  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4525  cupin 2 domain-containing protein  36.56 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33680  Protein of unknown function (DUF861)  36.36 
 
 		 147 aa  50.8  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6348  cupin 2 domain-containing protein  32.8 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1714  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.71 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4108  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.17 
 
 		 165 aa  48.9  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2781  cupin 2, barrel  42.37 
 
 		 338 aa  49.3  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.402218  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.73 
 
 		 181 aa  48.9  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0692  cupin 2 domain-containing protein  34.51 
 
 		 163 aa  48.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.78 
 
 		 113 aa  47.8  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5028  cupin 2 domain-containing protein  33.78 
 
 		 210 aa  47.4  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2964  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.7 
 
 		 160 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.75352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 180 aa  47  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2327  cupin 2 domain-containing protein  36.62 
 
 		 150 aa  47  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000139899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4149  hypothetical protein  30.68 
 
 		 150 aa  47  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26535  decreased coverage  0.0023385 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.28 
 
 		 192 aa  46.6  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0102  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.53 
 
 		 204 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.66506 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3503  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.9 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.66 
 
 		 184 aa  46.6  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0147  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36 
 
 		 141 aa  47  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0105  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.53 
 
 		 204 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3113  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 174 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.487782  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3189  cupin 2, barrel  26.92 
 
 		 190 aa  45.4  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00000805068  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  31.9 
 
 		 163 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3556  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.56 
 
 		 169 aa  45.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.29 
 
 		 166 aa  45.1  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.760355  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.88 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2852  cupin 2  34.85 
 
 		 156 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  33.82 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3191  cupin 2, barrel  32.47 
 
 		 179 aa  44.3  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000053457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5545  cupin 2 domain-containing protein  32.1 
 
 		 141 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4297  cupin 2 domain-containing protein  32.41 
 
 		 144 aa  43.9  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  33.9 
 
 		 186 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2209  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 85 aa  43.9  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000991087  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0967  hypothetical protein  40.35 
 
 		 153 aa  43.9  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.410205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 186 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 186 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 186 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3512  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1001  hypothetical protein  38.6 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 203 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4592  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.29 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 111 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3197  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.39 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229687  normal  0.39078 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2605  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0523242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 121 aa  42  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1654  hypothetical protein  27.63 
 
 		 134 aa  42  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.225443  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3746  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 124 aa  42  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 197 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2969  cupin 2  33.33 
 
 		 171 aa  42  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.09 
 
 		 112 aa  41.2  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4406  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.51 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0295153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3620  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.93 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.517442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3647  cupin 2 domain-containing protein  43.75 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2200  hypothetical protein  25 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.192403 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1709  cupin 2, barrel  34.09 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.69 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.754668  normal  0.233584 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.56 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0356258  normal  0.456316 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26 
 
 		 160 aa  40.8  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2240  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  29.27 
 
 		 124 aa  40.8  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.130311  normal  0.0267337 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3405  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.32 
 
 		 156 aa  40.8  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1459  hypothetical protein  43.75 
 
 		 332 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0434689  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1228  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.71 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.066401  normal  0.685252 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1009  cupin family protein  31.65 
 
 		 119 aa  40.4  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5823  hypothetical protein  47.62 
 
 		 105 aa  40.4  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410893  normal  0.322015 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.82 
 
 		 112 aa  40.4  0.008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 204 aa  40.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3706  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.63 
 
 		 163 aa  40  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>