129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9903 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  100 
 
 		 168 aa  347  4e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  36.99 
 
 		 220 aa  95.1  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  35.86 
 
 		 214 aa  85.9  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  36.59 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  34.09 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  31.45 
 
 		 221 aa  78.2  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  29.14 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  31.58 
 
 		 195 aa  77.4  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  35.86 
 
 		 212 aa  77.4  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  32.69 
 
 		 227 aa  77.4  0.00000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  32.69 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  33.54 
 
 		 161 aa  77  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  32.48 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  32.48 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  34.31 
 
 		 226 aa  74.3  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  34.56 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  34 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  31.07 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  37.93 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  32.3 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  31.14 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  28.57 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  36.11 
 
 		 243 aa  71.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  37.42 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  34.18 
 
 		 241 aa  70.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  32.17 
 
 		 358 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  34.46 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2245  nuclease (SNase domain protein)  36.81 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.184004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  34.62 
 
 		 167 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  32.43 
 
 		 242 aa  68.2  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  33.57 
 
 		 176 aa  67  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  33.33 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2046  nuclease (SNase-like)  28.03 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.879712  normal  0.484882 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  29.07 
 
 		 175 aa  64.7  0.0000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  32.08 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  29.65 
 
 		 175 aa  64.3  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  32.26 
 
 		 226 aa  64.3  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  28.85 
 
 		 185 aa  63.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  33.08 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  29.07 
 
 		 175 aa  63.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  32.26 
 
 		 153 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5258  nuclease  28.31 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.486577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  30.06 
 
 		 183 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  33.57 
 
 		 171 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0791  nuclease (SNase-like)  38.71 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  28.74 
 
 		 199 aa  61.2  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  32.26 
 
 		 153 aa  61.2  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  29.71 
 
 		 206 aa  61.2  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  30.36 
 
 		 156 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  34.29 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4353  hypothetical protein  30.46 
 
 		 199 aa  60.8  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3653  nuclease (SNase domain protein)  30.91 
 
 		 171 aa  60.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  35.87 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2340  nuclease (SNase domain protein)  31.71 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3707  nuclease (SNase domain protein)  30.91 
 
 		 171 aa  60.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.112464  normal  0.156975 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  34.07 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9827  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  27.43 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  34.62 
 
 		 534 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  29.27 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  31.01 
 
 		 185 aa  58.9  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  27.85 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  28.82 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6411  nuclease  32.03 
 
 		 233 aa  58.2  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  28.33 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  32.11 
 
 		 231 aa  57.8  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  28.81 
 
 		 180 aa  57.4  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  29.68 
 
 		 227 aa  57.4  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  31.45 
 
 		 246 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  26.71 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  29.58 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  30.95 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  33.83 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25810  nuclease  34.65 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823432  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  33.12 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  29.11 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  31.47 
 
 		 241 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  34.15 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  33.9 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  29.01 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  33.08 
 
 		 158 aa  54.3  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  27.66 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  27.66 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  34.53 
 
 		 249 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0952  nuclease (SNase-like)  30.57 
 
 		 157 aa  53.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6222  nuclease (SNase domain protein)  27.66 
 
 		 198 aa  52.4  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.515263 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  29.55 
 
 		 192 aa  52  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  29.59 
 
 		 263 aa  52  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  29.65 
 
 		 175 aa  51.6  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  29.41 
 
 		 205 aa  51.6  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  32.99 
 
 		 158 aa  51.6  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  29.59 
 
 		 191 aa  50.8  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  26.52 
 
 		 153 aa  50.1  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3662  nuclease (SNase domain protein)  31.87 
 
 		 175 aa  48.9  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808999  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  30.28 
 
 		 131 aa  48.9  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2377  SNase-like nuclease  32.81 
 
 		 185 aa  48.5  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0106322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  30 
 
 		 246 aa  48.5  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  31.16 
 
 		 150 aa  48.1  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  32.64 
 
 		 169 aa  48.1  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4945  nuclease  33.86 
 
 		 170 aa  48.5  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.377656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  32.12 
 
 		 209 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>