More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1890 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 		 246 aa  507  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  38.06 
 
 		 246 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  37.3 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  33.08 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  36.15 
 
 		 307 aa  75.1  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  32.33 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  36.16 
 
 		 254 aa  71.6  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 246 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  37.21 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  26.72 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  44.32 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  47.62 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 248 aa  68.9  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  35.43 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  56.45 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  27.23 
 
 		 247 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  57.38 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  30.92 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  51.61 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  55.74 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  58.06 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  50.82 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.18 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  39.18 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 		 394 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  50.77 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.18 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  49.21 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.58 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  51.52 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  33.96 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  47.83 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.96 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 234 aa  62  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 234 aa  62  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 235 aa  62  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 241 aa  62  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.02 
 
 		 240 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  40.66 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  33.85 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 201 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.02 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.02 
 
 		 240 aa  61.6  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  27.89 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 201 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  45.83 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  31.2 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  50.79 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  25.5 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  30.11 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  45.9 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  45.9 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>