112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2866 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2866  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
413 aa  811    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.814502  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
408 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.76 
 
 
387 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.35 
 
 
403 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
401 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  23.83 
 
 
414 aa  83.2  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  25.18 
 
 
416 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
406 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  22.68 
 
 
414 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
416 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  22.82 
 
 
416 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.14 
 
 
383 aa  73.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  22.89 
 
 
416 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  22.83 
 
 
383 aa  70.1  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
383 aa  70.1  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  21.72 
 
 
415 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  21.82 
 
 
402 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 
402 aa  62.4  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  23.88 
 
 
394 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  21.17 
 
 
418 aa  60.1  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
418 aa  58.9  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
434 aa  58.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
421 aa  57.8  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 
373 aa  57  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
382 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2462  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
373 aa  56.6  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.109923 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
383 aa  56.2  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  22.09 
 
 
339 aa  55.1  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
406 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.35 
 
 
407 aa  54.3  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
380 aa  53.9  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0326  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
362 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169936  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 
448 aa  53.5  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3766  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
378 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.760049 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  24.56 
 
 
662 aa  53.1  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1935  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
375 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  23.69 
 
 
373 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  24.24 
 
 
413 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  23.69 
 
 
373 aa  52.8  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.84 
 
 
382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
400 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.84 
 
 
467 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  23.81 
 
 
374 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 
374 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.84 
 
 
382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.84 
 
 
382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  23.84 
 
 
382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  23.84 
 
 
382 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.84 
 
 
382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  24.68 
 
 
368 aa  50.8  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 
371 aa  50.8  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  21.53 
 
 
417 aa  50.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 
383 aa  50.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
458 aa  50.4  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
401 aa  50.4  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2534  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
374 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2757  Extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
374 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.45 
 
 
404 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  23.2 
 
 
368 aa  48.9  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  23.57 
 
 
402 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  22.65 
 
 
381 aa  49.3  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  22.27 
 
 
371 aa  48.9  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  21.57 
 
 
368 aa  48.5  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  22.55 
 
 
368 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
417 aa  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  22.65 
 
 
404 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.02 
 
 
383 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
364 aa  47.8  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  22.8 
 
 
368 aa  47.4  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  22.46 
 
 
373 aa  47.4  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
370 aa  47.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 
413 aa  47  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 
400 aa  47  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0065  Extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 
392 aa  47  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  22.07 
 
 
373 aa  45.8  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  22.65 
 
 
404 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 
383 aa  46.2  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  21.27 
 
 
375 aa  46.2  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
415 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  19.83 
 
 
375 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.08 
 
 
381 aa  45.1  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  22.46 
 
 
436 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  23.15 
 
 
445 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
396 aa  45.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
396 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.82 
 
 
406 aa  44.7  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.6 
 
 
406 aa  44.7  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  24.89 
 
 
369 aa  44.7  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  22.98 
 
 
383 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3938  leucine-specific-binding protein  22.79 
 
 
367 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.72 
 
 
380 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.97 
 
 
378 aa  44.3  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  22.98 
 
 
383 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.72 
 
 
380 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  23.72 
 
 
380 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.72 
 
 
380 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.72 
 
 
380 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
411 aa  44.3  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  22.97 
 
 
381 aa  43.9  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>