More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1965 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 248 aa  503  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  51.69 
 
 		 254 aa  242  3.9999999999999997e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  50.43 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  52.99 
 
 		 332 aa  234  7e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  48.92 
 
 		 257 aa  234  9e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  45.93 
 
 		 256 aa  229  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  47.66 
 
 		 259 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  52.19 
 
 		 252 aa  225  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  46.61 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  46.19 
 
 		 260 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  47.01 
 
 		 254 aa  222  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  51.72 
 
 		 259 aa  218  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  46.88 
 
 		 258 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  42.68 
 
 		 255 aa  218  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  47.98 
 
 		 263 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  47.32 
 
 		 258 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  45.06 
 
 		 256 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  47.48 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  48.51 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  46.96 
 
 		 257 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  48.23 
 
 		 257 aa  206  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  43.1 
 
 		 253 aa  206  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  46.86 
 
 		 291 aa  205  6e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  45.15 
 
 		 249 aa  201  8e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  44.98 
 
 		 259 aa  201  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  43.35 
 
 		 257 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  46.03 
 
 		 265 aa  198  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  45.97 
 
 		 283 aa  198  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  42.92 
 
 		 257 aa  198  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  46.53 
 
 		 265 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  42.92 
 
 		 257 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  42.92 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  42.55 
 
 		 258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  41.18 
 
 		 259 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  45.85 
 
 		 253 aa  195  5.000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  38.72 
 
 		 246 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  38.72 
 
 		 246 aa  194  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  44.21 
 
 		 262 aa  193  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  44.95 
 
 		 257 aa  175  7e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  47.39 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.44 
 
 		 239 aa  159  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 		 356 aa  142  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  37.28 
 
 		 266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 		 367 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  32.73 
 
 		 351 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  35.59 
 
 		 340 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.84 
 
 		 753 aa  131  9e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  36.17 
 
 		 418 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 		 406 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 		 883 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.61 
 
 		 786 aa  124  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.14 
 
 		 797 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 		 475 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  34.78 
 
 		 390 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.92 
 
 		 352 aa  122  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.57 
 
 		 734 aa  121  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.79 
 
 		 584 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.84 
 
 		 605 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.65 
 
 		 403 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.02 
 
 		 633 aa  118  9e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.6 
 
 		 773 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.3 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01138  predicted FAD-binding phosphodiesterase  32.24 
 
 		 403 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2484  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 403 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1303  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.1 
 
 		 403 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01146  hypothetical protein  32.24 
 
 		 403 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1259  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.1 
 
 		 403 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577088  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2463  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 403 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.537462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.08 
 
 		 766 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.79 
 
 		 590 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  34.68 
 
 		 357 aa  115  7.999999999999999e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.79 
 
 		 379 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.79 
 
 		 357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.16 
 
 		 596 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 		 581 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.49 
 
 		 409 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 		 584 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  32.42 
 
 		 590 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 583 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 583 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 		 584 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 		 580 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  32.11 
 
 		 592 aa  108  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 		 413 aa  108  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 		 585 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 		 585 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 		 585 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.59 
 
 		 599 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  30.63 
 
 		 584 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  24.78 
 
 		 362 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 		 585 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  24.78 
 
 		 360 aa  106  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29 
 
 		 598 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  32.13 
 
 		 601 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 		 437 aa  106  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.78 
 
 		 590 aa  104  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  32.13 
 
 		 582 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  40.98 
 
 		 425 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>