More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_4058 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  100 
 
 
319 aa  644    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  77.43 
 
 
318 aa  500  1e-140  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  74.92 
 
 
318 aa  487  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  74.92 
 
 
318 aa  487  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  75.24 
 
 
332 aa  481  1e-135  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  74.29 
 
 
332 aa  481  1e-135  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  74.29 
 
 
318 aa  475  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  69.69 
 
 
320 aa  437  1e-121  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  66.45 
 
 
328 aa  431  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  64.97 
 
 
328 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  66.13 
 
 
328 aa  429  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  64.19 
 
 
327 aa  419  1e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  66.13 
 
 
327 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  63.23 
 
 
327 aa  416  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  62.5 
 
 
336 aa  398  9.999999999999999e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  61.29 
 
 
320 aa  390  1e-107  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  53.87 
 
 
316 aa  338  5.9999999999999996e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.82 
 
 
335 aa  333  2e-90  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.53 
 
 
332 aa  330  2e-89  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.55 
 
 
335 aa  323  3e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.23 
 
 
335 aa  322  6e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.91 
 
 
335 aa  318  9e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.21 
 
 
418 aa  315  9e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  48.44 
 
 
398 aa  313  1.9999999999999998e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  52.72 
 
 
350 aa  313  2.9999999999999996e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.64 
 
 
344 aa  313  2.9999999999999996e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.16 
 
 
344 aa  313  2.9999999999999996e-84  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.64 
 
 
333 aa  312  4.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  47.89 
 
 
416 aa  312  5.999999999999999e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  51.92 
 
 
320 aa  310  1e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.17 
 
 
417 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.17 
 
 
417 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  48.45 
 
 
417 aa  310  2.9999999999999997e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.32 
 
 
344 aa  309  4e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.15 
 
 
455 aa  307  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  47.18 
 
 
410 aa  302  4.0000000000000003e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  48.02 
 
 
377 aa  299  4e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.31 
 
 
377 aa  297  1e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  45.13 
 
 
376 aa  295  9e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.32 
 
 
386 aa  291  1e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  48.66 
 
 
390 aa  290  3e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.99 
 
 
379 aa  288  7e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.99 
 
 
379 aa  288  7e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.32 
 
 
390 aa  288  8e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.32 
 
 
376 aa  286  4e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.32 
 
 
378 aa  285  5.999999999999999e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 
399 aa  283  2.0000000000000002e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.34 
 
 
295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  48.53 
 
 
389 aa  283  4.0000000000000003e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.62 
 
 
372 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.32 
 
 
451 aa  280  3e-74  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  46.84 
 
 
409 aa  280  3e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.84 
 
 
409 aa  280  3e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.64 
 
 
444 aa  280  3e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.32 
 
 
435 aa  279  4e-74  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  50.5 
 
 
413 aa  278  1e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 
420 aa  276  2e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.21 
 
 
378 aa  277  2e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.84 
 
 
372 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 
420 aa  276  2e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.16 
 
 
375 aa  276  4e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.16 
 
 
375 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 
425 aa  275  5e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  44.98 
 
 
314 aa  275  5e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24480  RNA polymerase sigma factor SigB  46.82 
 
 
342 aa  275  9e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0306487  normal  0.46381 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1864  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.6 
 
 
429 aa  272  5.000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.123565  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1493  RNA polymerase sigma factor SigB  47.51 
 
 
330 aa  272  7e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 
397 aa  272  7e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1509  RNA polymerase sigma factor  46.2 
 
 
435 aa  271  8.000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 
375 aa  271  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 
393 aa  271  1e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  46.84 
 
 
480 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  46.84 
 
 
480 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  46.84 
 
 
480 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 
374 aa  270  2e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3764  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.35 
 
 
448 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.97 
 
 
394 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  45.96 
 
 
528 aa  269  4e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.97 
 
 
394 aa  269  5e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24330  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.34 
 
 
439 aa  269  5.9999999999999995e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134736 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0824  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.03 
 
 
455 aa  268  7e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00671165  hitchhiker  0.000482481 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.65 
 
 
489 aa  268  8e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1878  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.2 
 
 
483 aa  268  1e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.230521  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09100  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  46.62 
 
 
422 aa  268  1e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.321739  normal  0.63498 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.34 
 
 
559 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
478 aa  268  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1311  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.87 
 
 
409 aa  266  2e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.046516 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0365  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.02 
 
 
338 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
559 aa  266  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.85 
 
 
384 aa  266  2.9999999999999995e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.34 
 
 
369 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4379  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.03 
 
 
400 aa  266  4e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1407  RNA polymerase sigma factor  47.49 
 
 
438 aa  265  5e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.723356  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  46.71 
 
 
488 aa  266  5e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  44.51 
 
 
616 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2166  RNA polymerase sigma factor SigB  46 
 
 
319 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0407173  hitchhiker  0.00170553 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2177  RNA polymerase sigma factor SigB  46 
 
 
319 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2223  RNA polymerase sigma factor SigB  46 
 
 
319 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3197  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.67 
 
 
385 aa  265  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119315  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1223  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.47 
 
 
387 aa  264  1e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0115586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>