More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3212 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  441  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 208 aa  137  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 197 aa  119  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  33.01 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 215 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 214 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 212 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 216 aa  78.6  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  27.27 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  25.73 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2281  regulatory protein, TetR  28.98 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.45314 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  27.54 
 
 		 186 aa  66.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4321  regulatory protein TetR  29.08 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0684654  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  28.98 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  28.81 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2399  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0482124  hitchhiker  0.0000585185 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6827  putative transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0995041 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  25.88 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  25.88 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  25.71 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  22.45 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  26.78 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2076  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 		 209 aa  62  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.954712 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  25.29 
 
 		 194 aa  62  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  26.06 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  25.29 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  25.15 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  46.38 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  25.29 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  25.29 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  25.43 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  27.84 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  46.99 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  27.27 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  25.82 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  26.29 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  24.63 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  24.63 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  24.63 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  21.65 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  26.88 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  24.63 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  25.41 
 
 		 194 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 197 aa  58.2  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1497  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  41.67 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  25.27 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4120  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  21.81 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5183  putative transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0142854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  25.44 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1102  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1502  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  24.12 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  24.54 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  25.81 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4367  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  25.95 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  26.2 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  25.95 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  25.12 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  24.85 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  24.26 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1664  transcriptional regulator, TetR family  27.45 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294171  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1767  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.420279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1312  regulatory protein, TetR  34.31 
 
 		 241 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  25.82 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>