136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2281 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2281  regulatory protein, TetR  100 
 
 
205 aa  395  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.45314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2399  TetR family transcriptional regulator  79.9 
 
 
204 aa  285  5e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0482124  hitchhiker  0.0000585185 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
199 aa  149  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 
199 aa  149  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8695  transcriptional regulator, TetR family  44.5 
 
 
203 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.650286 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  47.34 
 
 
215 aa  145  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
197 aa  136  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  38.12 
 
 
367 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4367  transcriptional regulator, TetR family  41.71 
 
 
201 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  36.13 
 
 
203 aa  108  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2076  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 
209 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.954712 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
196 aa  102  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  34.47 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5183  putative transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 
212 aa  96.3  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0142854 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2809  TetR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
206 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00640157  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4314  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 
206 aa  90.5  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.668708  normal  0.623722 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 
206 aa  87.8  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25180  transcriptional regulator, tetR family  37.88 
 
 
206 aa  87.4  1e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 
196 aa  84.3  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  36.6 
 
 
197 aa  84  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 
198 aa  82.8  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2529  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 
202 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000510912 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1664  transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 
197 aa  75.9  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294171  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7124  transcriptional regulator  38.12 
 
 
203 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 
199 aa  72.8  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2687  transcriptional regulator, TetR family  39.45 
 
 
202 aa  73.2  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.782088  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 
192 aa  72  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5235  transcriptional regulator  38.46 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 
192 aa  69.3  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0130  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
197 aa  68.9  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.943831  normal  0.482465 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5475  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 
202 aa  68.2  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 
194 aa  68.2  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
213 aa  67.4  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3495  putative transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
177 aa  67.4  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5790  hypothetical protein  32.77 
 
 
207 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.0606988 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 
197 aa  65.9  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13760  transcriptional regulator, tetR family  35.58 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.484561  normal  0.0851511 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5992  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.396143  normal  0.47391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1836  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 
207 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0359893  normal  0.350648 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6767  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 
177 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2774  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 
208 aa  55.1  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
186 aa  54.7  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1335  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 
194 aa  54.7  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7752  putative transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 
202 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
208 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 
206 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4168  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
244 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0511823  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3213  transcriptional regulator, TetR family  49.28 
 
 
195 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000469892  normal  0.140374 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
215 aa  52.4  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25560  transcriptional regulator  30.46 
 
 
207 aa  52.4  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
193 aa  51.6  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  50.91 
 
 
186 aa  51.6  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0254  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.631026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
214 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4321  regulatory protein TetR  31.34 
 
 
194 aa  50.4  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0684654  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  29.94 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  26.22 
 
 
287 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  24.14 
 
 
199 aa  50.1  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
188 aa  48.9  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  29.61 
 
 
189 aa  48.9  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0096  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 
186 aa  48.9  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  30.43 
 
 
202 aa  48.9  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30040  hypothetical protein  29.9 
 
 
193 aa  48.1  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000857921  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  29.55 
 
 
194 aa  48.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
200 aa  47.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 
308 aa  47.8  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 
189 aa  47.4  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3937  transcriptional regulator, TetR family  30.47 
 
 
187 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00797355  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 
201 aa  46.6  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  40 
 
 
198 aa  46.2  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  40 
 
 
201 aa  46.2  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  43.14 
 
 
186 aa  46.6  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
195 aa  46.2  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
245 aa  45.8  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 
219 aa  45.4  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0346  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 
196 aa  45.8  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4528  transcriptional regulator, TetR family  53.33 
 
 
172 aa  45.4  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  36.92 
 
 
195 aa  45.4  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1985  transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 
269 aa  45.4  0.0006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.351825 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4308  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 
195 aa  45.1  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0100295  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 
196 aa  45.1  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
206 aa  45.1  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1647  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
197 aa  45.1  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0893  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 
201 aa  45.1  0.0008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.17617  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  25.51 
 
 
207 aa  45.1  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
204 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
204 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
205 aa  44.3  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  55.81 
 
 
197 aa  44.7  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0369  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 
204 aa  44.3  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238864 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1897  transcriptional regulator, TetR family  51.02 
 
 
200 aa  44.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0417503  decreased coverage  0.000000883258 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  35.38 
 
 
202 aa  43.1  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  29.14 
 
 
194 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  35.38 
 
 
195 aa  43.9  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  35.38 
 
 
194 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
269 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  35.38 
 
 
194 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  32.31 
 
 
196 aa  43.5  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>