More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1376 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  100 
 
 		 250 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  66.51 
 
 		 227 aa  299  2e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  62.39 
 
 		 222 aa  259  3e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  48.33 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  47.85 
 
 		 239 aa  175  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  47.37 
 
 		 239 aa  175  7e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  47.91 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  47.96 
 
 		 228 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  45.29 
 
 		 234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  48.18 
 
 		 228 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 240 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  43.87 
 
 		 234 aa  167  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  44.6 
 
 		 264 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 264 aa  146  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  46.99 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  45.67 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  33.57 
 
 		 292 aa  128  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 560 aa  126  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  38.02 
 
 		 296 aa  122  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.02 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 300 aa  121  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.11 
 
 		 368 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  33.18 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  41.76 
 
 		 376 aa  120  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  37.05 
 
 		 318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 548 aa  118  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.81 
 
 		 311 aa  118  9e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 305 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  42.57 
 
 		 295 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.01 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  36.04 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 321 aa  116  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  39.33 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.15 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  35.22 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  45.04 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.45 
 
 		 313 aa  115  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.81 
 
 		 311 aa  115  5e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.32 
 
 		 316 aa  115  5e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 329 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.94 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.87 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  37.73 
 
 		 323 aa  113  2.0000000000000002e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  36.24 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.62 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.87 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  35.75 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.96 
 
 		 319 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.96 
 
 		 319 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.96 
 
 		 319 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.71 
 
 		 436 aa  112  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.95 
 
 		 302 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 302 aa  111  9e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 551 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.51 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  37.8 
 
 		 549 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.67 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.23 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.18 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.18 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  37.56 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  35.71 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.18 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.35 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  36.45 
 
 		 297 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 551 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.55 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36.21 
 
 		 405 aa  109  5e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.05 
 
 		 302 aa  108  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  34.7 
 
 		 314 aa  108  6e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  38.12 
 
 		 319 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.23 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.11 
 
 		 306 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  41.14 
 
 		 313 aa  108  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.73 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.74 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 218 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  39.11 
 
 		 309 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.42 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.62 
 
 		 543 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  38.46 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.78 
 
 		 320 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.71 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  35.98 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.55 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>