More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3255 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3255  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 388 aa  786    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0650  efflux transporter, RND family, MFP subunit  79.73 
 
 		 410 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3735  RND family efflux transporter MFP subunit  79.47 
 
 		 410 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0654  RND family efflux transporter MFP subunit  79.2 
 
 		 410 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0627  RND family efflux transporter MFP subunit  79.47 
 
 		 405 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  76.42 
 
 		 435 aa  588  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.66 
 
 		 351 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 373 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.07 
 
 		 349 aa  139  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  27.4 
 
 		 368 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.43 
 
 		 365 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  30.37 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 365 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.3 
 
 		 367 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 372 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 397 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.41 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  25.94 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  30.79 
 
 		 354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  27.89 
 
 		 397 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  32.62 
 
 		 348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  26.91 
 
 		 403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  27.69 
 
 		 368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 392 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  26.42 
 
 		 397 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 372 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  27.52 
 
 		 372 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.61 
 
 		 380 aa  123  7e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  25.92 
 
 		 403 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  27.56 
 
 		 375 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  28.16 
 
 		 371 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 361 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.62 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 397 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 415 aa  120  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.77 
 
 		 372 aa  119  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 388 aa  119  9e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  26.93 
 
 		 372 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.22 
 
 		 383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 350 aa  116  5e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 372 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 351 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  26.84 
 
 		 382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.52 
 
 		 396 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 362 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 360 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 371 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 		 368 aa  113  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 		 369 aa  113  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  23.6 
 
 		 361 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 377 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 361 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 353 aa  112  9e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  25.75 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  28.7 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  26.17 
 
 		 373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  26.82 
 
 		 371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 434 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 377 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.4 
 
 		 375 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  26.49 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  25.73 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  24.17 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  24.93 
 
 		 460 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>