More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0286 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  86.76 
 
 		 725 aa  1293    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  86.62 
 
 		 725 aa  1293    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 723 aa  1492    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  86.62 
 
 		 725 aa  1293    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  86.34 
 
 		 725 aa  1290    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  99.45 
 
 		 723 aa  1484    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  98.62 
 
 		 723 aa  1474    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  85.91 
 
 		 723 aa  1311    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  73.18 
 
 		 718 aa  1111    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  92.64 
 
 		 332 aa  627  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  39.72 
 
 		 701 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 701 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  40.69 
 
 		 700 aa  504  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  39.02 
 
 		 721 aa  496  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  38.96 
 
 		 809 aa  481  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  37.93 
 
 		 704 aa  479  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  37.97 
 
 		 713 aa  448  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  34.03 
 
 		 716 aa  395  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 		 728 aa  385  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 		 710 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  32.15 
 
 		 721 aa  287  5e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  31.28 
 
 		 849 aa  278  2e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  30.31 
 
 		 717 aa  276  7e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  30.34 
 
 		 783 aa  271  4e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  30.83 
 
 		 704 aa  270  5.9999999999999995e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  30.89 
 
 		 713 aa  269  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 		 716 aa  265  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 738 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  30.74 
 
 		 724 aa  248  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  29.24 
 
 		 714 aa  238  4e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  28.01 
 
 		 817 aa  233  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 697 aa  230  5e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 751 aa  231  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  28.89 
 
 		 813 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  28.75 
 
 		 816 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 		 758 aa  223  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  28.95 
 
 		 771 aa  220  6e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  26.54 
 
 		 839 aa  216  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  27.14 
 
 		 723 aa  214  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  26.28 
 
 		 709 aa  207  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  27.25 
 
 		 843 aa  204  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 742 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 764 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 753 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  27.77 
 
 		 733 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  27.19 
 
 		 745 aa  197  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  26.92 
 
 		 732 aa  196  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  27.94 
 
 		 732 aa  196  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  27.06 
 
 		 745 aa  196  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  25.71 
 
 		 745 aa  195  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  26.81 
 
 		 755 aa  195  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 739 aa  188  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 698 aa  182  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  28.4 
 
 		 817 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 		 808 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  26.13 
 
 		 723 aa  181  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  27.71 
 
 		 808 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  26.88 
 
 		 726 aa  176  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  26.55 
 
 		 746 aa  176  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  26.88 
 
 		 726 aa  175  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  26.88 
 
 		 726 aa  172  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  24.9 
 
 		 812 aa  169  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  23.13 
 
 		 764 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  22.41 
 
 		 764 aa  77.4  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 891 aa  77.4  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.96 
 
 		 688 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  33.95 
 
 		 736 aa  76.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1519  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 657 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.148558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3717  TonB-dependent siderophore receptor  34.39 
 
 		 726 aa  72  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 737 aa  72  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  20.5 
 
 		 706 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1206  putative TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 688 aa  70.1  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.06 
 
 		 631 aa  70.1  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 742 aa  67.4  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3064  TonB-dependent siderophore receptor  31.89 
 
 		 712 aa  67  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  28.9 
 
 		 655 aa  67  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  28.85 
 
 		 666 aa  66.2  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3044  TonB-dependent receptor plug  28.04 
 
 		 821 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000527887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.52 
 
 		 859 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1342  TonB-dependent receptor plug  28.04 
 
 		 820 aa  65.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00424571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 688 aa  65.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  28.04 
 
 		 820 aa  65.5  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  29.95 
 
 		 666 aa  65.9  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1315  TonB-dependent receptor plug  28.04 
 
 		 821 aa  65.9  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000529097  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.81 
 
 		 759 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  30.85 
 
 		 666 aa  65.5  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  30.85 
 
 		 666 aa  65.5  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3043  TonB-dependent siderophore receptor  35.2 
 
 		 746 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0305175  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  29.46 
 
 		 661 aa  65.1  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 661 aa  65.1  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  29.63 
 
 		 663 aa  64.7  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3097  TonB-dependent siderophore receptor  32.45 
 
 		 723 aa  64.7  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.582192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2768  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 823 aa  64.7  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000855789  normal  0.291776 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  29.41 
 
 		 686 aa  64.3  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 823 aa  64.3  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0540  TonB-dependent siderophore receptor  32.07 
 
 		 718 aa  64.3  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  29.95 
 
 		 666 aa  63.9  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1237  TonB-dependent receptor, plug  29.21 
 
 		 814 aa  63.9  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3061  outer membrane receptor FepA  34.64 
 
 		 746 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00912473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0602  outer membrane receptor FepA  34.64 
 
 		 746 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>