161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1218 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  100 
 
 		 1153 aa  2352    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  44.47 
 
 		 1165 aa  941    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  45.06 
 
 		 1165 aa  951    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  56.6 
 
 		 1177 aa  1339    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  99.05 
 
 		 1153 aa  2334    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 1194 aa  704    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  86.4 
 
 		 1174 aa  2051    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  35.24 
 
 		 1187 aa  757    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  86.4 
 
 		 1174 aa  2049    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  44.3 
 
 		 1165 aa  931    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  39.6 
 
 		 1008 aa  731    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  35.91 
 
 		 1182 aa  754    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  56.6 
 
 		 1177 aa  1339    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  33.89 
 
 		 1208 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  33.93 
 
 		 1194 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  33.9 
 
 		 1206 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  33.67 
 
 		 1206 aa  572  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  34.15 
 
 		 1205 aa  548  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  24.18 
 
 		 1181 aa  285  4.0000000000000003e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  23.9 
 
 		 1172 aa  281  5e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  22.73 
 
 		 1129 aa  281  7e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  25.64 
 
 		 1176 aa  277  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000435  IcmF-related protein  22.77 
 
 		 1130 aa  275  5.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.127342  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  25.86 
 
 		 1179 aa  265  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  25.63 
 
 		 1192 aa  264  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  25.69 
 
 		 1208 aa  262  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  25.38 
 
 		 1102 aa  260  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  25.75 
 
 		 1175 aa  253  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  26.3 
 
 		 1209 aa  252  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  26.33 
 
 		 1209 aa  251  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  26.08 
 
 		 1209 aa  251  7e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  26.08 
 
 		 1209 aa  251  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  26.16 
 
 		 1209 aa  250  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  26.56 
 
 		 1220 aa  250  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  26.16 
 
 		 1209 aa  250  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  26.16 
 
 		 1209 aa  250  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  26.16 
 
 		 1209 aa  250  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  23.93 
 
 		 1171 aa  249  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  26.08 
 
 		 1175 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  25.53 
 
 		 1175 aa  243  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  24.69 
 
 		 1209 aa  242  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  25.45 
 
 		 1212 aa  241  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  24.51 
 
 		 1182 aa  240  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  24.27 
 
 		 1168 aa  238  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1205 aa  235  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  24.39 
 
 		 1181 aa  234  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  24.16 
 
 		 1211 aa  231  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  24.84 
 
 		 1218 aa  230  9e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  25.38 
 
 		 1204 aa  219  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  25.64 
 
 		 1302 aa  218  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  26.03 
 
 		 1152 aa  216  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  25.82 
 
 		 1199 aa  214  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  24.62 
 
 		 1268 aa  213  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  25.09 
 
 		 1148 aa  212  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  24.17 
 
 		 1207 aa  212  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  24.36 
 
 		 1302 aa  205  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  24.94 
 
 		 1302 aa  204  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  24.2 
 
 		 1302 aa  202  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  24.08 
 
 		 1302 aa  201  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  24.72 
 
 		 1302 aa  198  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1095  Pmt1  97.67 
 
 		 86 aa  176  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  24.84 
 
 		 1369 aa  173  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  23.06 
 
 		 1275 aa  172  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  23.06 
 
 		 1275 aa  172  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  22.9 
 
 		 1270 aa  171  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  24.52 
 
 		 1329 aa  167  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  24.09 
 
 		 1317 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  24.15 
 
 		 1365 aa  161  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  23.88 
 
 		 1332 aa  160  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  24.74 
 
 		 1366 aa  157  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  22.84 
 
 		 1164 aa  156  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  24.55 
 
 		 1365 aa  152  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  22.56 
 
 		 1167 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  22.56 
 
 		 1167 aa  150  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  22.56 
 
 		 1167 aa  150  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  22.56 
 
 		 1167 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  22.64 
 
 		 1150 aa  145  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0454  hypothetical protein  22.38 
 
 		 1147 aa  145  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141895  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2090  hypothetical protein  22.38 
 
 		 1104 aa  144  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127209  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  23.52 
 
 		 1348 aa  140  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0500  hypothetical protein  21.44 
 
 		 973 aa  140  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0524  hypothetical protein  21.42 
 
 		 973 aa  139  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  21.66 
 
 		 1288 aa  132  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  26.98 
 
 		 1164 aa  132  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  23.57 
 
 		 1358 aa  129  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  23.57 
 
 		 1358 aa  128  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  28.13 
 
 		 830 aa  128  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  27.8 
 
 		 1173 aa  127  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  30.06 
 
 		 1176 aa  127  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  23.47 
 
 		 1358 aa  126  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  27.8 
 
 		 830 aa  124  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  27.29 
 
 		 1195 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  28.73 
 
 		 1173 aa  123  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  27.4 
 
 		 831 aa  121  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  28.49 
 
 		 1179 aa  121  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  27.4 
 
 		 831 aa  121  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  28.47 
 
 		 1157 aa  119  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  26.27 
 
 		 831 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  21.51 
 
 		 1164 aa  116  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  21.51 
 
 		 1164 aa  116  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>