More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2508 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  693    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.26 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  37.01 
 
 		 347 aa  209  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 347 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 330 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 347 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 326 aa  199  7e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.46 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  34.23 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.12 
 
 		 325 aa  195  9e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  34.34 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  34.13 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  34.3 
 
 		 326 aa  192  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 327 aa  192  9e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 334 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 335 aa  188  9e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  32.32 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.75 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  34.08 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  30.75 
 
 		 330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 361 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  32.93 
 
 		 334 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 335 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 324 aa  182  8.000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.01 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  33.92 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 322 aa  178  9e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 285 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  32.21 
 
 		 327 aa  176  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 338 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 324 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  32.77 
 
 		 326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 351 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 330 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  28.32 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 342 aa  162  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 339 aa  161  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 331 aa  158  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.63 
 
 		 324 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2995  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.54 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 345 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 345 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 345 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  33.13 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5594  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0385  transcriptional regulator  27.49 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.09 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 334 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  29.28 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6986  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 356 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667581  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4043  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 354 aa  136  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3112  ThiJ/PfpI domain protein  32.4 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.226454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>