More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0146 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  100 
 
 		 219 aa  441  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  50.23 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  48.58 
 
 		 222 aa  199  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 228 aa  197  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  45.21 
 
 		 225 aa  195  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  44.29 
 
 		 225 aa  193  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  50.23 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  49.77 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  45.66 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  46.4 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  42.53 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.66 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  50.23 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.23 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  50.23 
 
 		 227 aa  185  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 227 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  49.32 
 
 		 227 aa  183  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  44.09 
 
 		 237 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 237 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  45.25 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.51 
 
 		 227 aa  178  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  45.25 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  43.64 
 
 		 272 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  43.18 
 
 		 223 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  42.99 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 237 aa  168  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.73 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  43.84 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 233 aa  164  9e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  41.04 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  41.04 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  41.04 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  41.04 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  42.45 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 226 aa  159  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 		 240 aa  156  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  38.91 
 
 		 242 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.5 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  39.37 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3752  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 224 aa  152  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000783534  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  40.27 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  40.27 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  38.91 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 223 aa  148  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3531  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 223 aa  148  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 249 aa  147  8e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 223 aa  147  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 224 aa  147  9e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 635 aa  147  9e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3465  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1341  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4347  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  38.01 
 
 		 246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2453  winged helix family two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 236 aa  146  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.147888  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  39.64 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  34.84 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 227 aa  145  6e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  41.87 
 
 		 220 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 228 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.55 
 
 		 228 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  42.36 
 
 		 220 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 225 aa  144  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  37.9 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 635 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.56 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.89 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>