196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4368 on replicon NC_009432
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  100 
 
 		 713 aa  1440    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  45.15 
 
 		 648 aa  475  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  43.21 
 
 		 670 aa  416  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  38.48 
 
 		 677 aa  349  8e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  37.98 
 
 		 651 aa  345  1e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  41.76 
 
 		 594 aa  340  5e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  39.7 
 
 		 593 aa  329  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  39.34 
 
 		 583 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  39.47 
 
 		 575 aa  325  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  39.56 
 
 		 576 aa  325  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  37.04 
 
 		 557 aa  320  7e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  37.04 
 
 		 570 aa  319  9e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  37.06 
 
 		 570 aa  319  9e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  33.83 
 
 		 641 aa  307  4.0000000000000004e-82  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  33.99 
 
 		 648 aa  302  2e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  34.62 
 
 		 723 aa  300  4e-80  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  34.42 
 
 		 714 aa  299  1e-79  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  34.42 
 
 		 758 aa  299  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  34.37 
 
 		 559 aa  298  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  38.44 
 
 		 601 aa  278  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  33.15 
 
 		 592 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  32.26 
 
 		 655 aa  257  6e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  33.16 
 
 		 659 aa  248  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  32.38 
 
 		 661 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  31.22 
 
 		 598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  32.01 
 
 		 669 aa  243  9e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  31.5 
 
 		 661 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  29.16 
 
 		 663 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  31.45 
 
 		 662 aa  240  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  32.67 
 
 		 661 aa  241  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  28.76 
 
 		 673 aa  240  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  30.97 
 
 		 661 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  31.46 
 
 		 674 aa  236  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  31.35 
 
 		 661 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  32.63 
 
 		 663 aa  235  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  32.63 
 
 		 663 aa  235  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  31.74 
 
 		 662 aa  234  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 666 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  32.43 
 
 		 659 aa  233  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  30.66 
 
 		 664 aa  232  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  31.18 
 
 		 661 aa  232  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  31.03 
 
 		 678 aa  231  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  32.17 
 
 		 661 aa  231  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  30.16 
 
 		 666 aa  231  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  30.64 
 
 		 662 aa  230  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  32.71 
 
 		 676 aa  230  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  31.83 
 
 		 665 aa  230  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  31.34 
 
 		 664 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  30.22 
 
 		 670 aa  228  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  31.09 
 
 		 660 aa  227  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  30.86 
 
 		 658 aa  227  6e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  31.24 
 
 		 603 aa  227  7e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  29.53 
 
 		 723 aa  226  9e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  30.32 
 
 		 668 aa  224  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  30.76 
 
 		 673 aa  224  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  29.38 
 
 		 663 aa  224  6e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  31.21 
 
 		 687 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  30.14 
 
 		 665 aa  221  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  29.66 
 
 		 687 aa  220  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  29.24 
 
 		 666 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  31.21 
 
 		 666 aa  217  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  32.42 
 
 		 669 aa  217  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  28.4 
 
 		 669 aa  217  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  31.98 
 
 		 573 aa  217  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  32.46 
 
 		 675 aa  216  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  30.4 
 
 		 669 aa  216  9e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  29.26 
 
 		 665 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  31.8 
 
 		 672 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  29.19 
 
 		 756 aa  215  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  31.89 
 
 		 667 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  29.82 
 
 		 664 aa  214  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  29.94 
 
 		 661 aa  214  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  29.87 
 
 		 700 aa  212  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  31.91 
 
 		 666 aa  211  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  31.34 
 
 		 665 aa  209  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  31.54 
 
 		 823 aa  209  1e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  29.38 
 
 		 660 aa  209  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  30.91 
 
 		 548 aa  209  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  29.27 
 
 		 664 aa  207  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  31.63 
 
 		 660 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  30.21 
 
 		 611 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  30.99 
 
 		 663 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  32.02 
 
 		 660 aa  204  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  28.5 
 
 		 630 aa  202  9.999999999999999e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  31.66 
 
 		 620 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  31.47 
 
 		 828 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  31.07 
 
 		 633 aa  197  6e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  27.9 
 
 		 633 aa  196  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  31.06 
 
 		 834 aa  196  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  28.55 
 
 		 637 aa  194  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  28.55 
 
 		 637 aa  193  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  30.28 
 
 		 809 aa  193  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  27.85 
 
 		 645 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  29.4 
 
 		 678 aa  192  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  29.85 
 
 		 634 aa  192  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  30.94 
 
 		 627 aa  191  5e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  29.28 
 
 		 695 aa  185  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  31.18 
 
 		 670 aa  183  8.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  27.65 
 
 		 644 aa  181  4.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  27.89 
 
 		 699 aa  181  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>