More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0282 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
315 aa  624  1e-178  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  83.92 
 
 
316 aa  521  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  54.37 
 
 
323 aa  345  4e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  59.52 
 
 
310 aa  340  2e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.81 
 
 
300 aa  290  2e-77  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.16 
 
 
300 aa  287  1e-76  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.8 
 
 
305 aa  280  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  48.14 
 
 
302 aa  280  2e-74  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  49.01 
 
 
331 aa  275  8e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  45.28 
 
 
326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  46.38 
 
 
304 aa  273  3e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.35 
 
 
303 aa  271  1e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.33 
 
 
305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.75 
 
 
312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.51 
 
 
296 aa  266  2e-70  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  44 
 
 
311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  44.33 
 
 
311 aa  266  5e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.85 
 
 
306 aa  264  1e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.17 
 
 
309 aa  263  2e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.42 
 
 
305 aa  263  3e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.82 
 
 
308 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  46.82 
 
 
313 aa  260  2e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.72 
 
 
304 aa  259  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  46.75 
 
 
313 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.55 
 
 
301 aa  258  1e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.89 
 
 
302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.89 
 
 
302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.89 
 
 
302 aa  257  2e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.89 
 
 
302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.89 
 
 
302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 
302 aa  257  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.89 
 
 
302 aa  256  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.56 
 
 
302 aa  256  4e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.05 
 
 
303 aa  255  7e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  42.38 
 
 
306 aa  255  7e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.63 
 
 
306 aa  255  7e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.55 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  43.56 
 
 
302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  43.73 
 
 
306 aa  253  3e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  43.39 
 
 
306 aa  253  3e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  41.97 
 
 
300 aa  252  6e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.39 
 
 
304 aa  252  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  45.33 
 
 
329 aa  251  1e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  42.58 
 
 
315 aa  251  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.6 
 
 
306 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.1 
 
 
334 aa  248  6e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.39 
 
 
313 aa  249  6e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  44.18 
 
 
302 aa  248  9e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.11 
 
 
312 aa  247  2e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.15 
 
 
302 aa  246  4e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 
303 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  45.66 
 
 
314 aa  245  8e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 
326 aa  243  5e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  41.22 
 
 
305 aa  241  2e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  46.42 
 
 
320 aa  238  1e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  49.53 
 
 
426 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  47.56 
 
 
332 aa  238  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  41.12 
 
 
304 aa  236  3e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  40.79 
 
 
314 aa  236  4e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  41.12 
 
 
319 aa  236  5.0000000000000005e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.8 
 
 
305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  47.77 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  45.24 
 
 
323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  45.88 
 
 
377 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.92 
 
 
316 aa  233  4.0000000000000004e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.44 
 
 
324 aa  232  6e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.77 
 
 
313 aa  232  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  43.83 
 
 
318 aa  232  8.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  48.41 
 
 
324 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  43.83 
 
 
318 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.37 
 
 
320 aa  231  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.21 
 
 
343 aa  231  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.03 
 
 
326 aa  230  2e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.52 
 
 
319 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.52 
 
 
319 aa  229  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 
305 aa  228  9e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 
305 aa  228  9e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  42.54 
 
 
319 aa  228  9e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.03 
 
 
326 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  42.54 
 
 
319 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  42.09 
 
 
339 aa  228  2e-58  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  42.04 
 
 
322 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.17 
 
 
319 aa  227  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.31 
 
 
344 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.67 
 
 
322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  44.7 
 
 
319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.23 
 
 
321 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.1 
 
 
333 aa  224  1e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.24 
 
 
319 aa  224  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.01 
 
 
333 aa  224  1e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 
319 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  43.18 
 
 
310 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  46.88 
 
 
342 aa  222  6e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  44.82 
 
 
391 aa  222  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.48 
 
 
332 aa  222  8e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  41.8 
 
 
329 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.86 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  43.31 
 
 
319 aa  220  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>