More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3087 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  53.55 
 
 		 646 aa  682    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  63.46 
 
 		 827 aa  861    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  63.62 
 
 		 956 aa  872    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  53.26 
 
 		 646 aa  667    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  61.76 
 
 		 998 aa  867    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  73.22 
 
 		 858 aa  986    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  100 
 
 		 847 aa  1722    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  87.88 
 
 		 686 aa  1233    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.59 
 
 		 830 aa  1003    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  75.2 
 
 		 1095 aa  594  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  72.36 
 
 		 999 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.93 
 
 		 1050 aa  588  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.82 
 
 		 916 aa  586  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.82 
 
 		 1381 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.05 
 
 		 1089 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.51 
 
 		 977 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.34 
 
 		 1086 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.95 
 
 		 957 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.21 
 
 		 1092 aa  571  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  71.43 
 
 		 772 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  56.03 
 
 		 1086 aa  567  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  61.63 
 
 		 492 aa  566  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  69.36 
 
 		 890 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  72.36 
 
 		 692 aa  561  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.11 
 
 		 573 aa  560  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  71.86 
 
 		 537 aa  561  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  59.74 
 
 		 1092 aa  559  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.74 
 
 		 1103 aa  558  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.71 
 
 		 695 aa  547  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.42 
 
 		 688 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.79 
 
 		 1022 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 		 845 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 966 aa  506  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  45.57 
 
 		 1065 aa  505  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 		 827 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.23 
 
 		 889 aa  505  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.71 
 
 		 1065 aa  503  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  58.94 
 
 		 691 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.47 
 
 		 691 aa  492  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.95 
 
 		 812 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  54.25 
 
 		 691 aa  487  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  65.21 
 
 		 845 aa  488  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  49.72 
 
 		 695 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  52.87 
 
 		 695 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.74 
 
 		 814 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  47.4 
 
 		 676 aa  466  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34.58 
 
 		 1036 aa  461  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.88 
 
 		 1165 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  46.32 
 
 		 676 aa  459  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  55.74 
 
 		 556 aa  444  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.08 
 
 		 728 aa  433  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  69.44 
 
 		 1224 aa  430  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  60 
 
 		 1215 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  57.7 
 
 		 754 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.47 
 
 		 689 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.52 
 
 		 941 aa  413  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.82 
 
 		 887 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.28 
 
 		 979 aa  412  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 		 949 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 		 943 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  34.79 
 
 		 949 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.59 
 
 		 864 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  53.72 
 
 		 556 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  45.64 
 
 		 939 aa  397  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.55 
 
 		 708 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.29 
 
 		 1225 aa  397  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  57.92 
 
 		 1225 aa  393  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 		 703 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.4 
 
 		 922 aa  387  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  52.2 
 
 		 558 aa  381  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.75 
 
 		 688 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.05 
 
 		 905 aa  379  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 622 aa  375  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.75 
 
 		 688 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  46.54 
 
 		 573 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.41 
 
 		 548 aa  372  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.71 
 
 		 727 aa  372  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.55 
 
 		 943 aa  372  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  48.69 
 
 		 416 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  45.91 
 
 		 571 aa  365  3e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.51 
 
 		 625 aa  362  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 		 532 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.63 
 
 		 727 aa  360  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 		 964 aa  357  6.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.42 
 
 		 782 aa  354  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.99 
 
 		 789 aa  355  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 		 1106 aa  352  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 		 1651 aa  352  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.3 
 
 		 762 aa  352  1e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.62 
 
 		 818 aa  352  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 		 1631 aa  351  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  35.56 
 
 		 783 aa  350  6e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 		 789 aa  350  7e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 		 789 aa  350  7e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 		 1646 aa  350  9e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  50.74 
 
 		 743 aa  348  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.41 
 
 		 740 aa  348  3e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.56 
 
 		 781 aa  346  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  47.67 
 
 		 726 aa  345  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.47 
 
 		 807 aa  345  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>