More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1935 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1935  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
386 aa  786    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487493  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  97.67 
 
 
386 aa  766    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  91.97 
 
 
386 aa  721    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.732563  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  76.94 
 
 
386 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.37 
 
 
508 aa  350  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.34 
 
 
630 aa  339  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  48.27 
 
 
650 aa  332  5e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.68 
 
 
653 aa  331  1e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.95 
 
 
651 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  47.12 
 
 
678 aa  331  2e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.99 
 
 
789 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.99 
 
 
789 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  47.53 
 
 
699 aa  328  7e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.14 
 
 
807 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.03 
 
 
660 aa  326  5e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.45 
 
 
781 aa  323  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.28 
 
 
810 aa  322  5e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.81 
 
 
662 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.8 
 
 
789 aa  319  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.98 
 
 
766 aa  319  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.99 
 
 
815 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.03 
 
 
642 aa  317  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.43 
 
 
642 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.6 
 
 
650 aa  316  5e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.89 
 
 
782 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 
774 aa  308  8e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.24 
 
 
538 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.78 
 
 
650 aa  302  7.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.05 
 
 
639 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.69 
 
 
387 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.11 
 
 
557 aa  229  5e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 
743 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.05 
 
 
1076 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 
1050 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 
655 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
1134 aa  223  6e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  37.77 
 
 
812 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
773 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.75 
 
 
773 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.03 
 
 
1106 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.89 
 
 
688 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.82 
 
 
699 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
650 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  39.83 
 
 
533 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
962 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 
777 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
559 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 
643 aa  212  7e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  39.55 
 
 
533 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 
1105 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
683 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 
657 aa  210  3e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 
807 aa  210  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  35.64 
 
 
544 aa  210  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  36.74 
 
 
544 aa  209  8e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
818 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 
673 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 
1053 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.25 
 
 
1081 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
769 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.38 
 
 
1415 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.87 
 
 
1224 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.69 
 
 
661 aa  206  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.12 
 
 
712 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 
632 aa  206  5e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.58 
 
 
942 aa  206  7e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  35.44 
 
 
539 aa  206  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  38.53 
 
 
533 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  37.47 
 
 
531 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  39.17 
 
 
676 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 
759 aa  204  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  40.38 
 
 
858 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  38.92 
 
 
676 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
1148 aa  204  3e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 
983 aa  203  3e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2204  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  47.03 
 
 
588 aa  203  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0313534  normal  0.331001 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.79 
 
 
753 aa  203  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
1132 aa  203  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 
742 aa  203  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
647 aa  203  4e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
714 aa  203  5e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.756709  normal  0.201817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2399  histidine kinase  45.73 
 
 
564 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.03 
 
 
1059 aa  202  7e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.43 
 
 
703 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 
979 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 
551 aa  202  7e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 
1079 aa  202  7e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  41.58 
 
 
681 aa  202  8e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.16 
 
 
682 aa  202  8e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 
1013 aa  202  9e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.01 
 
 
926 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.5 
 
 
681 aa  202  9e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 
681 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
1193 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  36.86 
 
 
1086 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.44 
 
 
1092 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
622 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  35.28 
 
 
622 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 
684 aa  200  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
752 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>