134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2865 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5637  Outer membrane autotransporter barrel  60.34 
 
 		 985 aa  1104    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.217038  normal  0.176654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2865  outer membrane autotransporter  100 
 
 		 994 aa  1962    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3532  outer membrane autotransporter  32.56 
 
 		 1152 aa  358  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5638  Outer membrane autotransporter barrel  45.92 
 
 		 488 aa  317  7e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190969  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7274  hypothetical protein  32.58 
 
 		 990 aa  265  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3756  Outer membrane autotransporter barrel  34.9 
 
 		 3506 aa  254  8.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0336  Outer membrane autotransporter barrel  35.05 
 
 		 995 aa  251  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.988518 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0206  outer membrane autotransporter barrel domain protein  35.47 
 
 		 1285 aa  248  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0891162 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5200  autotransporter, putative  32.25 
 
 		 986 aa  244  7e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1774  serine protease  35.14 
 
 		 1508 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.903556  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4364  outer membrane autotransporter  35.46 
 
 		 2371 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4881  outer membrane autotransporter  36.04 
 
 		 2366 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312195  decreased coverage  0.00000000166918 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5354  outer membrane autotransporter  35.2 
 
 		 2365 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0199943  normal  0.02642 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4933  outer membrane autotransporter  35.2 
 
 		 2346 aa  234  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348524  unclonable  0.000124828 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2875  outer membrane autotransporter barrel domain protein  33.24 
 
 		 1848 aa  228  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.189813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0758  outer membrane autotransporter barrel  35.2 
 
 		 2396 aa  227  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291921 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2876  outer membrane autotransporter  33.58 
 
 		 1550 aa  226  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0480  outer membrane autotransporter barrel domain protein  32.9 
 
 		 1029 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1933  outer membrane autotransporter  34.66 
 
 		 1053 aa  220  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0182819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1611  putative serine protease  33.04 
 
 		 991 aa  212  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0892  autotransporter, putative  37.57 
 
 		 1016 aa  211  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6767  outer membrane autotransporter  31.78 
 
 		 4238 aa  207  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6533  Outer membrane autotransporter barrel  31.78 
 
 		 3822 aa  206  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1566  Outer membrane autotransporter barrel  30.8 
 
 		 1119 aa  205  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18630  putative serine protease  32.72 
 
 		 995 aa  205  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.169589 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1123  outer membrane autotransporter  34.68 
 
 		 1062 aa  205  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.948475  normal  0.876639 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6355  outer membrane autotransporter  31.58 
 
 		 4238 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.51084 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5186  outer membrane autotransporter  35.28 
 
 		 1056 aa  202  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3734  Outer membrane autotransporter barrel  31.48 
 
 		 1001 aa  201  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1650  autotransporter, putative  30.47 
 
 		 1055 aa  201  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3929  outer membrane autotransporter barrel domain protein  32.53 
 
 		 1011 aa  201  7.999999999999999e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3733  Outer membrane autotransporter barrel  31.12 
 
 		 1038 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.311183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  33.39 
 
 		 1028 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  0.0000368637 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1649  autotransporter, putative  33.27 
 
 		 1001 aa  199  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2683  Outer membrane autotransporter barrel  30.66 
 
 		 983 aa  196  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.525643  hitchhiker  0.000404465 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4115  outer membrane autotransporter  31.49 
 
 		 3954 aa  196  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4722  outer membrane autotransporter  30.86 
 
 		 2003 aa  196  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  29.95 
 
 		 1033 aa  194  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  30.05 
 
 		 1004 aa  190  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2325  outer membrane autotransporter  29.04 
 
 		 1782 aa  182  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0522858  hitchhiker  0.00737544 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1478  Outer membrane autotransporter barrel  27.69 
 
 		 650 aa  178  4e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5838  outer membrane autotransporter barrel domain protein  31.95 
 
 		 1227 aa  178  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2455  outer membrane autotransporter barrel domain protein  31.63 
 
 		 919 aa  176  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.739869  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3549  outer membrane autotransporter barrel domain protein  30.9 
 
 		 1125 aa  173  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3587  outer membrane autotransporter  34.56 
 
 		 1011 aa  171  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.334084  normal  0.0742158 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3082  outer membrane autotransporter  29.23 
 
 		 1164 aa  167  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184876  normal  0.275156 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3061  outer membrane autotransporter  30.03 
 
 		 677 aa  164  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1263  serine protease  30.39 
 
 		 1129 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1327  serine protease  30.39 
 
 		 1131 aa  154  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2572  serine protease  30.39 
 
 		 1129 aa  154  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0234  serine protease  30.39 
 
 		 1131 aa  154  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.411978  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0506  serine protease  30.39 
 
 		 1131 aa  154  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1063  serine protease  30.39 
 
 		 1131 aa  154  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2277  outer membrane autotransporter  29.62 
 
 		 980 aa  152  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0132  outer membrane autotransporter barrel domain protein  29.74 
 
 		 972 aa  152  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1429  serine protease  30.12 
 
 		 1130 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1203  outer membrane autotransporter  27.58 
 
 		 1769 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1408  serine protease  30.2 
 
 		 1131 aa  145  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0123331  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3607  outer membrane autotransporter  27.98 
 
 		 1333 aa  145  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0804  hemolysin-type calcium-binding region  36.09 
 
 		 2885 aa  140  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1306  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.58 
 
 		 1489 aa  134  1.0000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0449  Outer membrane autotransporter barrel  27.82 
 
 		 816 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.761733 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2458  outer membrane autotransporter  26.6 
 
 		 1369 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00908706  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0137  outer membrane autotransporter  27.09 
 
 		 1519 aa  125  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00711  YapH protein  25.58 
 
 		 2711 aa  125  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184521  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0779  hypothetical protein  24.47 
 
 		 1881 aa  123  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2102  outer membrane autotransporter  27.04 
 
 		 1006 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  29.96 
 
 		 2775 aa  120  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4135  outer membrane autotransporter  31.49 
 
 		 407 aa  115  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00592356  normal  0.777233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  32.34 
 
 		 2667 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7237  putative outer membrane autotransporter barrel precursor  29.28 
 
 		 882 aa  107  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2173  Outer membrane autotransporter barrel  27.83 
 
 		 1180 aa  97.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.193519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0046  putative serine protease  27.66 
 
 		 1066 aa  94.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000707412  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0854  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.85 
 
 		 3629 aa  94.4  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2974  Outer membrane autotransporter barrel  26.09 
 
 		 814 aa  89.4  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3385  outer membrane autotransporter  30.5 
 
 		 972 aa  88.6  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.308218 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0488  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.14 
 
 		 774 aa  86.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.510592  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4066  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.95 
 
 		 1081 aa  82.4  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392825  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3162  putative hemagglutinin-related protein  26.57 
 
 		 1012 aa  78.2  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2586  Outer membrane autotransporter barrel  26.52 
 
 		 1154 aa  75.5  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.501537  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2147  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.71 
 
 		 1134 aa  72.8  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2238  putative Outer membrane autotransporter protein  25.09 
 
 		 1025 aa  71.6  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.669565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3958  putative outer membrane autotransporter barrel precursor  26.89 
 
 		 907 aa  71.6  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1194  autotransporter domain-containing protein  21.88 
 
 		 1068 aa  71.2  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.170523 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1857  outer membrane autotransporter  26.77 
 
 		 2848 aa  71.2  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3087  Outer membrane autotransporter barrel  26.29 
 
 		 2407 aa  70.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3372  autotransporter beta-domain-containing protein  30.49 
 
 		 311 aa  69.7  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3844  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.26 
 
 		 926 aa  68.9  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0714  autotransporter, putative  28.06 
 
 		 763 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3729  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.68 
 
 		 913 aa  66.2  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3802  outer membrane autotransporter  24.05 
 
 		 2083 aa  65.9  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4300  Outer membrane autotransporter barrel  32.44 
 
 		 987 aa  65.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1135  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.17 
 
 		 960 aa  65.5  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0847  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.92 
 
 		 1004 aa  65.5  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3437  Outer membrane autotransporter  25 
 
 		 1179 aa  64.7  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0360967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0620  Outer membrane autotransporter barrel  28.06 
 
 		 759 aa  64.3  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.553237 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3186  putative autotransporter  35.85 
 
 		 145 aa  63.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.396056  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7520  outer membrane autotransporter domain-containing protein  26.08 
 
 		 1177 aa  62.4  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1082  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.28 
 
 		 915 aa  62  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1463  outer membrane autotransporter  29.05 
 
 		 733 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458818  normal  0.71316 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>