112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3061 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3061  outer membrane autotransporter  100 
 
 		 677 aa  1346    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3082  outer membrane autotransporter  68.59 
 
 		 1164 aa  859    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184876  normal  0.275156 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0480  outer membrane autotransporter barrel domain protein  37.64 
 
 		 1029 aa  302  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5838  outer membrane autotransporter barrel domain protein  34.63 
 
 		 1227 aa  300  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4722  outer membrane autotransporter  37.07 
 
 		 2003 aa  274  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0336  Outer membrane autotransporter barrel  32.3 
 
 		 995 aa  263  6e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.988518 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5200  autotransporter, putative  33.33 
 
 		 986 aa  263  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1566  Outer membrane autotransporter barrel  32.04 
 
 		 1119 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2683  Outer membrane autotransporter barrel  32.83 
 
 		 983 aa  238  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.525643  hitchhiker  0.000404465 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1650  autotransporter, putative  34.63 
 
 		 1055 aa  237  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2876  outer membrane autotransporter  31.83 
 
 		 1550 aa  234  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0206  outer membrane autotransporter barrel domain protein  30.99 
 
 		 1285 aa  233  8.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0891162 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2875  outer membrane autotransporter barrel domain protein  31.01 
 
 		 1848 aa  231  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.189813 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5186  outer membrane autotransporter  36.2 
 
 		 1056 aa  229  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  33.61 
 
 		 1028 aa  226  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  0.0000368637 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3929  outer membrane autotransporter barrel domain protein  31.66 
 
 		 1011 aa  226  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3756  Outer membrane autotransporter barrel  35.01 
 
 		 3506 aa  226  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  32.59 
 
 		 1004 aa  226  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2455  outer membrane autotransporter barrel domain protein  34.02 
 
 		 919 aa  223  7e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.739869  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18630  putative serine protease  31.83 
 
 		 995 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.169589 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1611  putative serine protease  32.09 
 
 		 991 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  32.25 
 
 		 1033 aa  219  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3733  Outer membrane autotransporter barrel  33.28 
 
 		 1038 aa  217  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.311183 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1478  Outer membrane autotransporter barrel  30.87 
 
 		 650 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1774  serine protease  32.35 
 
 		 1508 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.903556  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0137  outer membrane autotransporter  30.18 
 
 		 1519 aa  209  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3734  Outer membrane autotransporter barrel  31.63 
 
 		 1001 aa  208  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1649  autotransporter, putative  31.6 
 
 		 1001 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1429  serine protease  32.18 
 
 		 1130 aa  206  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4364  outer membrane autotransporter  32.27 
 
 		 2371 aa  206  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430062 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7274  hypothetical protein  30 
 
 		 990 aa  205  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4881  outer membrane autotransporter  31.76 
 
 		 2366 aa  204  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312195  decreased coverage  0.00000000166918 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2325  outer membrane autotransporter  33.76 
 
 		 1782 aa  204  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0522858  hitchhiker  0.00737544 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2102  outer membrane autotransporter  31.34 
 
 		 1006 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5354  outer membrane autotransporter  30.41 
 
 		 2365 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0199943  normal  0.02642 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0758  outer membrane autotransporter barrel  31.12 
 
 		 2396 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291921 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4933  outer membrane autotransporter  30.41 
 
 		 2346 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348524  unclonable  0.000124828 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2572  serine protease  31.55 
 
 		 1129 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1327  serine protease  31.55 
 
 		 1131 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0234  serine protease  31.39 
 
 		 1131 aa  193  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.411978  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0506  serine protease  31.39 
 
 		 1131 aa  193  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1063  serine protease  31.39 
 
 		 1131 aa  193  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1263  serine protease  31.39 
 
 		 1129 aa  193  8e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4115  outer membrane autotransporter  31.27 
 
 		 3954 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1408  serine protease  31.7 
 
 		 1131 aa  187  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0123331  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3532  outer membrane autotransporter  32.24 
 
 		 1152 aa  186  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0779  hypothetical protein  29.1 
 
 		 1881 aa  181  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1123  outer membrane autotransporter  32.51 
 
 		 1062 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.948475  normal  0.876639 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6767  outer membrane autotransporter  30.83 
 
 		 4238 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3607  outer membrane autotransporter  34.18 
 
 		 1333 aa  181  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6533  Outer membrane autotransporter barrel  30.83 
 
 		 3822 aa  181  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6355  outer membrane autotransporter  30.68 
 
 		 4238 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.51084 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0132  outer membrane autotransporter barrel domain protein  29.78 
 
 		 972 aa  178  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0892  autotransporter, putative  32.64 
 
 		 1016 aa  177  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3587  outer membrane autotransporter  31.32 
 
 		 1011 aa  174  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.334084  normal  0.0742158 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3549  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.34 
 
 		 1125 aa  170  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2277  outer membrane autotransporter  32.96 
 
 		 980 aa  169  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5637  Outer membrane autotransporter barrel  29.6 
 
 		 985 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.217038  normal  0.176654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2865  outer membrane autotransporter  30.03 
 
 		 994 aa  161  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1933  outer membrane autotransporter  32.73 
 
 		 1053 aa  160  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0182819 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4135  outer membrane autotransporter  29.09 
 
 		 407 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00592356  normal  0.777233 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00711  YapH protein  25.85 
 
 		 2711 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184521  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5638  Outer membrane autotransporter barrel  29.41 
 
 		 488 aa  108  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190969  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0854  outer membrane autotransporter barrel domain protein  30.37 
 
 		 3629 aa  107  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3064  hypothetical protein  40.99 
 
 		 660 aa  92.8  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.136087 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1203  outer membrane autotransporter  23.94 
 
 		 1769 aa  85.1  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0449  Outer membrane autotransporter barrel  25.4 
 
 		 816 aa  82.4  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.761733 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3729  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.38 
 
 		 913 aa  79.7  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1975  Outer membrane autotransporter  25.4 
 
 		 1111 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3411  Outer membrane autotransporter barrel  24.5 
 
 		 1130 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4066  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25 
 
 		 1081 aa  75.1  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392825  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1082  outer membrane autotransporter barrel domain protein  23.81 
 
 		 915 aa  74.7  0.000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2701  outer membrane autotransporter barrel domain protein  21.97 
 
 		 906 aa  73.9  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000419199  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1306  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.49 
 
 		 1489 aa  72.8  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6464  outer membrane autotransporter  39.44 
 
 		 1459 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3162  putative hemagglutinin-related protein  23.19 
 
 		 1012 aa  71.2  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3844  outer membrane autotransporter barrel domain protein  22.22 
 
 		 926 aa  70.5  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3372  autotransporter beta-domain-containing protein  27.41 
 
 		 311 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6171  outer membrane autotransporter  39.11 
 
 		 1458 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2974  Outer membrane autotransporter barrel  24.66 
 
 		 814 aa  68.2  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0135  outer membrane autotransporter barrel domain protein  21.9 
 
 		 910 aa  65.9  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1857  outer membrane autotransporter barrel domain protein  39.86 
 
 		 1322 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000638249 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0046  putative serine protease  26.92 
 
 		 1066 aa  64.7  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000707412  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0488  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.25 
 
 		 774 aa  64.3  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.510592  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3087  Outer membrane autotransporter barrel  32.47 
 
 		 2407 aa  63.5  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2173  Outer membrane autotransporter barrel  25.21 
 
 		 1180 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.193519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0234  serine protease  30.13 
 
 		 998 aa  62.4  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.249897  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0340  serine protease  30.13 
 
 		 949 aa  62.4  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.000000485293  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0206  beta strand repeat-containing protein  30.13 
 
 		 970 aa  61.6  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0308  beta strand repeat-containing protein  30.13 
 
 		 970 aa  61.6  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000319801  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1135  outer membrane autotransporter barrel domain protein  23.46 
 
 		 960 aa  59.3  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1156  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.28 
 
 		 979 aa  58.5  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3186  putative autotransporter  34.58 
 
 		 145 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.396056  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3385  outer membrane autotransporter  22.84 
 
 		 972 aa  55.5  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.308218 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1857  outer membrane autotransporter  25.6 
 
 		 2848 aa  55.1  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0847  outer membrane autotransporter barrel domain protein  23.02 
 
 		 1004 aa  55.1  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7520  outer membrane autotransporter domain-containing protein  25.6 
 
 		 1177 aa  54.7  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2458  outer membrane autotransporter  22.75 
 
 		 1369 aa  53.5  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00908706  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2954  autotransporter-associated beta strand repeat protein  25 
 
 		 947 aa  53.1  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154236  hitchhiker  0.00450699 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1031  outer membrane autotransporter  33.93 
 
 		 1172 aa  52.4  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0914454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>