More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1716 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1716  PAS sensor protein  100 
 
 
327 aa  677    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00344833  decreased coverage  0.0000813906 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1274  PAS sensor protein  47.28 
 
 
429 aa  315  7e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 
1807 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.88 
 
 
633 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  45.83 
 
 
767 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4928  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 
889 aa  123  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 
821 aa  121  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.67 
 
 
877 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  45.24 
 
 
890 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.14 
 
 
947 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  30.88 
 
 
930 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5365  sensor histidine kinase  35.85 
 
 
672 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00212715  hitchhiker  0.0000000443209 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 
672 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3007  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.73 
 
 
507 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.738719  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5581  sensor histidine kinase  35.85 
 
 
672 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.24 
 
 
1054 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
1383 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0307  sensor histidine kinase (sporulation kinase), C-terminal region  36.48 
 
 
677 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2725  diguanylate cyclase  50.91 
 
 
479 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443683  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0303  sensor histidine kinase; sporulation kinase  35.85 
 
 
677 aa  110  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00332628  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0367  sensor histidine kinase  36.48 
 
 
672 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0427  sensor histidine kinase, putative  36.13 
 
 
676 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0590994  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
779 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
1195 aa  107  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  28.44 
 
 
865 aa  102  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
778 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.260825 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5899  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.66 
 
 
918 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224493  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.01 
 
 
1040 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  26.89 
 
 
956 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 
642 aa  100  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 
1184 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.656273  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  37.96 
 
 
546 aa  99  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  28.16 
 
 
495 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.04 
 
 
1036 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4116  putative PAS/PAC sensor protein  28.1 
 
 
982 aa  96.7  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.147835  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  38.53 
 
 
685 aa  96.3  6e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  33.09 
 
 
932 aa  96.3  7e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
1431 aa  95.9  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.67 
 
 
1471 aa  95.9  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  33.11 
 
 
730 aa  95.5  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.56 
 
 
1036 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
1478 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3535  putative PAS/PAC sensor protein  37.14 
 
 
684 aa  95.5  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
817 aa  94.7  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3890  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 
824 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 
838 aa  94.4  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0011  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
483 aa  94.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0404114  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.26 
 
 
1222 aa  93.6  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2535  putative PAS/PAC sensor protein  28.14 
 
 
468 aa  94  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.993201  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1537  putative PAS/PAC sensor protein  31.15 
 
 
636 aa  93.2  5e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
866 aa  92.8  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.06 
 
 
989 aa  92.4  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 
823 aa  92.4  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1670  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
632 aa  92.4  9e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0166  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 
602 aa  92.4  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.719682  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
2693 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3270  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
796 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.498059 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.24 
 
 
861 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2832  putative PAS/PAC sensor protein  39.32 
 
 
712 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.420682  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1013  PAS sensor protein  38.84 
 
 
271 aa  91.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0749  sensory box histidine kinase  25.42 
 
 
597 aa  90.5  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173426  normal  0.0355967 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
1267 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.41 
 
 
1415 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 
818 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.74 
 
 
831 aa  89.4  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.05 
 
 
734 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.656612  hitchhiker  0.0000890263 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2150  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
595 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.35 
 
 
1419 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2438  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 
599 aa  87.4  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
621 aa  87  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  30.23 
 
 
1427 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 
1088 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.94 
 
 
929 aa  86.7  6e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
1654 aa  86.3  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 
823 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2058  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
618 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2062  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 
951 aa  85.1  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.275424  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2933  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.74 
 
 
806 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.907124  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
639 aa  84  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4841  putative PAS/PAC sensor protein  33.09 
 
 
470 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00593007  hitchhiker  0.000311175 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
1562 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.28 
 
 
955 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.66 
 
 
1020 aa  82  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.176379  normal  0.106324 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0281  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.84 
 
 
836 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0813035  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2128  putative PAS/PAC sensor protein  28.49 
 
 
1059 aa  80.9  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 
1426 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0009  sensory box histidine kinase  31.51 
 
 
499 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
717 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0007  putative PAS/PAC sensor protein  26.79 
 
 
400 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000212043 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.22 
 
 
955 aa  79  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3740  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
603 aa  79  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.92 
 
 
1643 aa  77.4  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  30.4 
 
 
1065 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2990  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
1253 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450084  normal  0.707823 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 
1177 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.42 
 
 
1071 aa  77  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.6 
 
 
957 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2827  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
1064 aa  75.5  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 
1245 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2148  diguanylate cyclase  27.12 
 
 
337 aa  75.5  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>