More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1538 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 495 aa  1003    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 448 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 		 700 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 		 700 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 		 700 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 450 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  31.89 
 
 		 619 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  31.89 
 
 		 680 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  31.35 
 
 		 680 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 		 703 aa  177  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 		 707 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 		 703 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 		 684 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  30.35 
 
 		 515 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  32.03 
 
 		 687 aa  171  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 462 aa  170  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 462 aa  170  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 		 671 aa  170  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  30.27 
 
 		 458 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 		 665 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2438  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 		 599 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  30.89 
 
 		 383 aa  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 		 347 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4650  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3574  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.382428 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 		 573 aa  137  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  29.78 
 
 		 683 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 		 654 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 700 aa  130  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 		 489 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 		 784 aa  124  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.79 
 
 		 1471 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 546 aa  121  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.85 
 
 		 509 aa  119  9e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2388  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.93 
 
 		 535 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.219764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3668  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.97 
 
 		 650 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 		 644 aa  116  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  26.48 
 
 		 823 aa  115  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.22 
 
 		 748 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 		 630 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4714  Two-component sensor histidine kinase  27.42 
 
 		 447 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.81 
 
 		 1221 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.32 
 
 		 1222 aa  114  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  24.06 
 
 		 799 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 		 370 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 		 366 aa  110  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  33.47 
 
 		 1046 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 		 384 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2171  histidine kinase  35.19 
 
 		 594 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 		 526 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3495  signal transduction histidine kinase-like protein  27.03 
 
 		 410 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0736574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  23.64 
 
 		 797 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  24.54 
 
 		 799 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1763  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 		 594 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.67 
 
 		 801 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 		 493 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2535  putative PAS/PAC sensor protein  31.07 
 
 		 468 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.993201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  28.87 
 
 		 1809 aa  105  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 		 595 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 		 1168 aa  103  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 		 596 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 594 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4381  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 372 aa  103  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  31.15 
 
 		 492 aa  103  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  31.15 
 
 		 492 aa  103  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  31.15 
 
 		 492 aa  103  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 		 955 aa  103  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  31.15 
 
 		 492 aa  103  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  31.15 
 
 		 463 aa  103  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  31.15 
 
 		 463 aa  103  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 		 420 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 		 492 aa  103  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.56 
 
 		 634 aa  102  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  23.98 
 
 		 795 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2077  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 594 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3211  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 		 394 aa  101  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 421 aa  101  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 		 2693 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  24.68 
 
 		 830 aa  100  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1587  sensor protein  25.05 
 
 		 493 aa  100  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.234957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  32.63 
 
 		 598 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 598 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3230  sensory box histidine kinase  29.36 
 
 		 518 aa  99.4  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0011  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 		 483 aa  99.4  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0404114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1652  histidine kinase  31.18 
 
 		 373 aa  99.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000168648  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  31.41 
 
 		 1255 aa  99.4  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  25.62 
 
 		 671 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01020  sensory box histidine kinase  26.29 
 
 		 710 aa  99  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0755055  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3956  histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  31.9 
 
 		 323 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.44 
 
 		 496 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06146  sensory box histidine kinase  26.29 
 
 		 710 aa  99  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0682167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 359 aa  99  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1716  PAS sensor protein  28.16 
 
 		 327 aa  98.6  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00344833  decreased coverage  0.0000813906 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1596  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 385 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00430448 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.44 
 
 		 951 aa  97.8  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2832  putative PAS/PAC sensor protein  37.3 
 
 		 712 aa  98.2  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.420682  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 		 561 aa  98.2  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  25.75 
 
 		 670 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.53 
 
 		 795 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 		 553 aa  97.4  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>