More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0676 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 260 aa  545  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  64.23 
 
 		 260 aa  354  6.999999999999999e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 257 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.53 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 271 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  29.44 
 
 		 252 aa  102  9e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 273 aa  96.7  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32.53 
 
 		 289 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 253 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.98 
 
 		 272 aa  94.7  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  25.95 
 
 		 272 aa  93.2  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 278 aa  91.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 280 aa  90.9  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 289 aa  90.1  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 252 aa  89  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 272 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 266 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 267 aa  86.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 275 aa  82  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  27.9 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.55 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.92 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 273 aa  77  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 281 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 256 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 257 aa  68.6  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 271 aa  68.6  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  26.75 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  21.4 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  29.5 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 275 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.55 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  26.11 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  23.92 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.08 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  36.71 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  24.75 
 
 		 306 aa  62  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 272 aa  62  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 291 aa  62  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 308 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  24.75 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  25.56 
 
 		 1366 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  37.33 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.91 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>