More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0853 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  620  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  48.84 
 
 		 312 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 303 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.79 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 319 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  30.67 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 329 aa  143  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 329 aa  142  5e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.83 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.38 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.94 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 314 aa  125  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  27.33 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 320 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  28.85 
 
 		 314 aa  122  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 323 aa  122  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  28.33 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 333 aa  122  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 329 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  25.74 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  28 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  29.08 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 323 aa  119  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  27 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>