More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2680 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
490 aa  975    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  73.97 
 
 
486 aa  687    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  76.48 
 
 
485 aa  754    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  67.56 
 
 
486 aa  648    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  82.96 
 
 
495 aa  804    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  69.2 
 
 
490 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  67.96 
 
 
486 aa  626  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  67.22 
 
 
481 aa  608  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  67.14 
 
 
492 aa  599  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.64 
 
 
486 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.81 
 
 
487 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  66.6 
 
 
486 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.3 
 
 
486 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.11 
 
 
486 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.54 
 
 
486 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  65.54 
 
 
486 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  64.17 
 
 
487 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  65.62 
 
 
489 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.47 
 
 
501 aa  514  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.05 
 
 
502 aa  509  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.41 
 
 
495 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.89 
 
 
492 aa  349  7e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.08 
 
 
488 aa  335  7.999999999999999e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  38.88 
 
 
503 aa  279  7e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.55 
 
 
494 aa  256  5e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.89 
 
 
531 aa  252  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37 
 
 
493 aa  250  3e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.88 
 
 
486 aa  246  6.999999999999999e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.43 
 
 
520 aa  236  6e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.67 
 
 
473 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.8 
 
 
529 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.56 
 
 
502 aa  234  3e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  37.24 
 
 
470 aa  233  6e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.79 
 
 
465 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  37.63 
 
 
479 aa  233  8.000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  32.43 
 
 
518 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.76 
 
 
489 aa  227  4e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
503 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.72 
 
 
569 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.87 
 
 
512 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
503 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.75 
 
 
500 aa  226  8e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.76 
 
 
503 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.81 
 
 
569 aa  225  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.41 
 
 
491 aa  225  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.05 
 
 
477 aa  225  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
497 aa  225  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.86 
 
 
495 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
495 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.34 
 
 
483 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  34.92 
 
 
499 aa  223  7e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.79 
 
 
482 aa  223  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.36 
 
 
514 aa  223  8e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  35.62 
 
 
465 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.93 
 
 
479 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.71 
 
 
483 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.89 
 
 
509 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.74 
 
 
489 aa  221  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
507 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.91 
 
 
512 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
482 aa  221  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.93 
 
 
546 aa  219  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.96 
 
 
541 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.59 
 
 
520 aa  219  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.47 
 
 
526 aa  219  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
547 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.42 
 
 
472 aa  219  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.98 
 
 
558 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.75 
 
 
501 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.57 
 
 
511 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.18 
 
 
495 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.32 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.8 
 
 
491 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.15 
 
 
512 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.56 
 
 
492 aa  213  5.999999999999999e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.46 
 
 
538 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.42 
 
 
486 aa  213  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
471 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  30.45 
 
 
495 aa  211  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.54 
 
 
504 aa  211  3e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
525 aa  211  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.2 
 
 
479 aa  211  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.84 
 
 
471 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
485 aa  210  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
501 aa  210  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.84 
 
 
471 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.07 
 
 
511 aa  209  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
462 aa  209  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.17 
 
 
495 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.17 
 
 
495 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.17 
 
 
495 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.71 
 
 
479 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.69 
 
 
517 aa  206  5e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
473 aa  206  7e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.48 
 
 
517 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.28 
 
 
504 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.77 
 
 
488 aa  205  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.25 
 
 
489 aa  205  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.6 
 
 
482 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.38 
 
 
483 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>