More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4649 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
495 aa  980    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  73.07 
 
 
488 aa  592  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50 
 
 
492 aa  441  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  51.08 
 
 
486 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.57 
 
 
485 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.05 
 
 
502 aa  413  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.65 
 
 
486 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.47 
 
 
486 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  50.42 
 
 
486 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.8 
 
 
495 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.29 
 
 
487 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.92 
 
 
486 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.2 
 
 
501 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.87 
 
 
486 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.58 
 
 
481 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.87 
 
 
486 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.87 
 
 
486 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.32 
 
 
490 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.35 
 
 
490 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.43 
 
 
486 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.37 
 
 
492 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  47.17 
 
 
487 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.16 
 
 
489 aa  333  4e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  38.54 
 
 
503 aa  291  2e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  34.74 
 
 
512 aa  253  5.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.6 
 
 
494 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.91 
 
 
495 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.22 
 
 
512 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.7 
 
 
477 aa  237  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.15 
 
 
493 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.4 
 
 
520 aa  234  3e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
485 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.42 
 
 
482 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.22 
 
 
512 aa  232  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.5 
 
 
495 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  31.87 
 
 
479 aa  230  4e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.29 
 
 
495 aa  230  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  31.87 
 
 
489 aa  229  7e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.49 
 
 
465 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.59 
 
 
514 aa  228  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.17 
 
 
473 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  34.18 
 
 
479 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.84 
 
 
502 aa  228  3e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.33 
 
 
479 aa  226  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.97 
 
 
486 aa  225  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  35.12 
 
 
465 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.9 
 
 
482 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  35.46 
 
 
479 aa  223  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
496 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
496 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  32.4 
 
 
518 aa  221  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.95 
 
 
495 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
495 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.96 
 
 
503 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
495 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.16 
 
 
499 aa  219  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
503 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.76 
 
 
503 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.57 
 
 
520 aa  219  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.92 
 
 
482 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.17 
 
 
501 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  32.27 
 
 
558 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.75 
 
 
482 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.21 
 
 
507 aa  216  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  32.63 
 
 
470 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.13 
 
 
509 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.86 
 
 
532 aa  215  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.9 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.97 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.23 
 
 
500 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
471 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.16 
 
 
488 aa  213  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
471 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.18 
 
 
504 aa  211  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  29.33 
 
 
569 aa  211  3e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.69 
 
 
489 aa  210  4e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.28 
 
 
497 aa  210  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.05 
 
 
494 aa  210  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.48 
 
 
461 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.12 
 
 
491 aa  209  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.09 
 
 
513 aa  208  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
489 aa  208  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.88 
 
 
533 aa  208  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.66 
 
 
479 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.02 
 
 
525 aa  208  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.17 
 
 
482 aa  207  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.09 
 
 
512 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  34.54 
 
 
472 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.91 
 
 
486 aa  207  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.92 
 
 
482 aa  206  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.83 
 
 
547 aa  206  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.49 
 
 
483 aa  206  9e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.33 
 
 
483 aa  206  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
484 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.36 
 
 
511 aa  205  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.55 
 
 
541 aa  204  4e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  33.6 
 
 
472 aa  202  8e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.42 
 
 
483 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.3 
 
 
480 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
501 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>