More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3299 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  100 
 
 
487 aa  966    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  76.19 
 
 
487 aa  723    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.68 
 
 
485 aa  624  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  64.17 
 
 
490 aa  588  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  63.51 
 
 
495 aa  585  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  64 
 
 
486 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  61.89 
 
 
486 aa  559  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  64 
 
 
481 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  61.62 
 
 
486 aa  545  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.32 
 
 
486 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  60.91 
 
 
490 aa  531  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  61.89 
 
 
492 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.32 
 
 
486 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.74 
 
 
486 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.97 
 
 
486 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.76 
 
 
486 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  62.76 
 
 
486 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.72 
 
 
501 aa  490  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  62.03 
 
 
489 aa  487  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.63 
 
 
502 aa  482  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.37 
 
 
492 aa  357  2.9999999999999997e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.61 
 
 
495 aa  356  5e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.11 
 
 
488 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.29 
 
 
503 aa  262  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.66 
 
 
529 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.72 
 
 
495 aa  226  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.62 
 
 
495 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  33.06 
 
 
512 aa  220  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
495 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.31 
 
 
493 aa  219  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.84 
 
 
502 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.84 
 
 
494 aa  217  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  34.23 
 
 
499 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
482 aa  214  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.69 
 
 
531 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.38 
 
 
483 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
503 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
503 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.19 
 
 
503 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.18 
 
 
486 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.95 
 
 
489 aa  209  8e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.72 
 
 
512 aa  209  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.39 
 
 
514 aa  209  9e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.33 
 
 
509 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.69 
 
 
504 aa  208  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.81 
 
 
477 aa  208  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.47 
 
 
501 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.98 
 
 
511 aa  208  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.88 
 
 
558 aa  207  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.74 
 
 
479 aa  207  3e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.59 
 
 
495 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.59 
 
 
495 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.59 
 
 
495 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.13 
 
 
507 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.51 
 
 
546 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
541 aa  205  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.98 
 
 
520 aa  204  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.95 
 
 
473 aa  204  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.57 
 
 
465 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.22 
 
 
479 aa  202  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
497 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
491 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.69 
 
 
472 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.86 
 
 
491 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.43 
 
 
486 aa  201  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.86 
 
 
492 aa  201  3e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.68 
 
 
512 aa  200  6e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.46 
 
 
496 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  32.76 
 
 
465 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.01 
 
 
485 aa  199  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.46 
 
 
496 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.48 
 
 
531 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.66 
 
 
520 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
538 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
471 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  31.18 
 
 
518 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.81 
 
 
489 aa  197  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.92 
 
 
483 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.93 
 
 
482 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  33.4 
 
 
470 aa  195  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.75 
 
 
511 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
569 aa  194  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.83 
 
 
489 aa  195  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.31 
 
 
479 aa  192  8e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.79 
 
 
494 aa  192  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.32 
 
 
471 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
488 aa  191  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.1 
 
 
471 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.54 
 
 
526 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.85 
 
 
532 aa  191  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.1 
 
 
471 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.5 
 
 
500 aa  188  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
477 aa  188  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.25 
 
 
479 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  29.83 
 
 
479 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.13 
 
 
461 aa  188  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.09 
 
 
496 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.64 
 
 
496 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.91 
 
 
480 aa  187  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
473 aa  186  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>