More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3597 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
501 aa  988    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.17 
 
 
495 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.89 
 
 
495 aa  362  6e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.56 
 
 
495 aa  363  6e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.35 
 
 
494 aa  353  4e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4513  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.01 
 
 
480 aa  347  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.224973  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.26 
 
 
495 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.26 
 
 
495 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.26 
 
 
495 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5590  NodT family outer membrane lipoprotein  46.3 
 
 
485 aa  344  2.9999999999999997e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.21 
 
 
482 aa  333  4e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00459  outer membrane protein OprN  42.71 
 
 
497 aa  330  4e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.018305  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.63 
 
 
494 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.78 
 
 
501 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1713  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.34 
 
 
488 aa  257  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.13912  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.23 
 
 
482 aa  250  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  35.82 
 
 
470 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.04 
 
 
494 aa  248  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.74 
 
 
569 aa  246  9e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.8 
 
 
471 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.14 
 
 
471 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.15 
 
 
465 aa  239  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.67 
 
 
509 aa  239  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.59 
 
 
471 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.08 
 
 
473 aa  239  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.61 
 
 
502 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.13 
 
 
503 aa  238  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.23 
 
 
462 aa  234  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.03 
 
 
473 aa  232  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.75 
 
 
490 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.28 
 
 
487 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.75 
 
 
471 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.84 
 
 
504 aa  230  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.51 
 
 
495 aa  230  6e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  34.21 
 
 
512 aa  226  5.0000000000000005e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32 
 
 
493 aa  226  9e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.33 
 
 
485 aa  223  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  34.48 
 
 
465 aa  223  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.93 
 
 
558 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
502 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.86 
 
 
529 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.45 
 
 
493 aa  219  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.7 
 
 
518 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.21 
 
 
531 aa  217  5e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.13 
 
 
486 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.49 
 
 
483 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.9 
 
 
489 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
497 aa  214  2.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.45 
 
 
489 aa  214  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.25 
 
 
479 aa  213  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.71 
 
 
499 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
501 aa  212  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.24 
 
 
473 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.34 
 
 
546 aa  211  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.94 
 
 
532 aa  210  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.28 
 
 
481 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  32.5 
 
 
547 aa  209  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.02 
 
 
486 aa  209  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  34.12 
 
 
472 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.09 
 
 
486 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  33.89 
 
 
472 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.85 
 
 
512 aa  207  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  28.49 
 
 
520 aa  206  7e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.75 
 
 
490 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  33.33 
 
 
486 aa  205  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.8 
 
 
486 aa  206  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
487 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  28.23 
 
 
520 aa  205  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.06 
 
 
479 aa  204  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.32 
 
 
515 aa  204  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.66 
 
 
513 aa  203  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.7 
 
 
560 aa  203  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  33.85 
 
 
569 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.85 
 
 
569 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  33.85 
 
 
565 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.23 
 
 
569 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.06 
 
 
477 aa  201  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.02 
 
 
486 aa  200  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.45 
 
 
486 aa  200  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.88 
 
 
479 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.23 
 
 
460 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.3 
 
 
486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.5 
 
 
486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.71 
 
 
479 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.31 
 
 
561 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.5 
 
 
486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.12 
 
 
561 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.07 
 
 
520 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.44 
 
 
514 aa  197  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.24 
 
 
483 aa  197  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.17 
 
 
558 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
492 aa  196  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.81 
 
 
525 aa  196  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.03 
 
 
512 aa  195  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.3 
 
 
500 aa  194  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
591 aa  193  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.9 
 
 
517 aa  192  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.82 
 
 
477 aa  192  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.21 
 
 
576 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.93 
 
 
537 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>