More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2191 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  69.25 
 
 
495 aa  659    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
490 aa  981    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  70.59 
 
 
486 aa  648    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  72.18 
 
 
485 aa  695    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  69.2 
 
 
490 aa  665    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  65.29 
 
 
486 aa  613  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  65.13 
 
 
481 aa  587  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.29 
 
 
486 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.08 
 
 
487 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  64.62 
 
 
492 aa  578  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  63.37 
 
 
486 aa  568  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.13 
 
 
486 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.93 
 
 
486 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.21 
 
 
486 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  64.21 
 
 
486 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  60.91 
 
 
487 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.21 
 
 
486 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  65.95 
 
 
489 aa  535  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.17 
 
 
501 aa  528  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.08 
 
 
502 aa  484  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.67 
 
 
495 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.38 
 
 
492 aa  351  2e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.64 
 
 
488 aa  342  8e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.29 
 
 
503 aa  248  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.55 
 
 
493 aa  242  9e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  37.65 
 
 
499 aa  233  5e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  35.73 
 
 
470 aa  229  7e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.17 
 
 
514 aa  228  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.47 
 
 
531 aa  226  6e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.22 
 
 
512 aa  226  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.82 
 
 
529 aa  226  9e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.04 
 
 
495 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.7 
 
 
495 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.89 
 
 
486 aa  224  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.14 
 
 
512 aa  224  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.75 
 
 
482 aa  224  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.58 
 
 
502 aa  222  9e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.05 
 
 
503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.05 
 
 
503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.17 
 
 
477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.05 
 
 
503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.84 
 
 
512 aa  219  7e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.4 
 
 
483 aa  219  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.72 
 
 
495 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.98 
 
 
494 aa  216  8e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.66 
 
 
491 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.75 
 
 
501 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.64 
 
 
482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.36 
 
 
465 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.35 
 
 
495 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.35 
 
 
495 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.35 
 
 
495 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.48 
 
 
483 aa  213  9e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.86 
 
 
520 aa  212  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.37 
 
 
473 aa  212  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.16 
 
 
479 aa  212  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.53 
 
 
525 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  30.55 
 
 
569 aa  211  3e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.48 
 
 
471 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.54 
 
 
486 aa  210  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  36.21 
 
 
487 aa  210  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.74 
 
 
489 aa  209  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
507 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  30.79 
 
 
558 aa  208  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
488 aa  208  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  31.71 
 
 
518 aa  207  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.18 
 
 
471 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.6 
 
 
531 aa  207  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.57 
 
 
479 aa  207  5e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.37 
 
 
511 aa  207  5e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  34.71 
 
 
465 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.57 
 
 
520 aa  206  7e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.57 
 
 
489 aa  206  8e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.14 
 
 
500 aa  205  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.81 
 
 
569 aa  205  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.59 
 
 
471 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
496 aa  204  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.59 
 
 
471 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
496 aa  204  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
501 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.29 
 
 
538 aa  202  8e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 
485 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  35.7 
 
 
480 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.63 
 
 
482 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.28 
 
 
504 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.85 
 
 
509 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.12 
 
 
479 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
477 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
462 aa  200  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.07 
 
 
473 aa  199  7e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.59 
 
 
547 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.27 
 
 
479 aa  199  7.999999999999999e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
497 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.99 
 
 
472 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.36 
 
 
511 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.06 
 
 
541 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.03 
 
 
546 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
517 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.5 
 
 
517 aa  196  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  32.16 
 
 
479 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>