More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0868 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
526 aa  1063    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  38.49 
 
 
569 aa  336  5.999999999999999e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.03 
 
 
541 aa  325  2e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  36.67 
 
 
558 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.43 
 
 
546 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.12 
 
 
538 aa  317  3e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  35.86 
 
 
520 aa  316  7e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  35.86 
 
 
520 aa  311  2.9999999999999997e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.6 
 
 
531 aa  295  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.86 
 
 
569 aa  292  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  33.13 
 
 
518 aa  290  4e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.24 
 
 
523 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.2 
 
 
517 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.8 
 
 
517 aa  251  3e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.8 
 
 
517 aa  251  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.01 
 
 
519 aa  237  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.07 
 
 
517 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.08 
 
 
516 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
486 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.8 
 
 
503 aa  234  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
496 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
486 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
496 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.99 
 
 
497 aa  229  8e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.82 
 
 
483 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.32 
 
 
479 aa  227  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.45 
 
 
475 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.78 
 
 
483 aa  226  7e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.56 
 
 
520 aa  224  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.92 
 
 
479 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.63 
 
 
494 aa  223  6e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.96 
 
 
489 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.4 
 
 
482 aa  222  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
506 aa  220  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.75 
 
 
479 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.78 
 
 
492 aa  218  2e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.47 
 
 
496 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.23 
 
 
504 aa  216  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.78 
 
 
491 aa  216  9.999999999999999e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.31 
 
 
512 aa  214  2.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  30.75 
 
 
479 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.02 
 
 
489 aa  211  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
493 aa  211  3e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.16 
 
 
477 aa  211  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.26 
 
 
520 aa  209  7e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.62 
 
 
504 aa  209  7e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.09 
 
 
484 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.59 
 
 
511 aa  209  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.5 
 
 
502 aa  209  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.61 
 
 
483 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.47 
 
 
490 aa  208  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.91 
 
 
464 aa  208  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.07 
 
 
515 aa  208  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.4 
 
 
483 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.25 
 
 
477 aa  206  6e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  29.89 
 
 
470 aa  206  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
484 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.74 
 
 
482 aa  206  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.6 
 
 
496 aa  206  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  30.16 
 
 
547 aa  204  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  29.98 
 
 
495 aa  204  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  29.65 
 
 
479 aa  203  5e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.17 
 
 
486 aa  203  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.23 
 
 
491 aa  201  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.45 
 
 
489 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.45 
 
 
481 aa  201  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
504 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.43 
 
 
472 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1941  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.98 
 
 
497 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211357  normal  0.0401761 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  28.32 
 
 
547 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  28.7 
 
 
511 aa  200  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.67 
 
 
504 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.19 
 
 
512 aa  199  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.99 
 
 
513 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.87 
 
 
517 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
504 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.79 
 
 
495 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
504 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.15 
 
 
461 aa  196  7e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.31 
 
 
457 aa  195  1e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
525 aa  196  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.87 
 
 
470 aa  195  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.52 
 
 
485 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
493 aa  194  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.02 
 
 
500 aa  193  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.86 
 
 
521 aa  193  7e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.28 
 
 
482 aa  193  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.82 
 
 
503 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.63 
 
 
482 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.35 
 
 
501 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.68 
 
 
512 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.95 
 
 
470 aa  191  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.44 
 
 
503 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.44 
 
 
503 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.55 
 
 
533 aa  190  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.25 
 
 
481 aa  189  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.71 
 
 
475 aa  189  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.71 
 
 
475 aa  189  8e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.34 
 
 
486 aa  189  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.98 
 
 
486 aa  189  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>