More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0907 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 366 aa  747    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  64.96 
 
 		 354 aa  451  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  61.77 
 
 		 357 aa  432  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  63.01 
 
 		 363 aa  429  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  63.16 
 
 		 348 aa  422  1e-117  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  59.3 
 
 		 359 aa  421  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  61.02 
 
 		 390 aa  421  1e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  62.13 
 
 		 360 aa  419  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  60.27 
 
 		 346 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  59.78 
 
 		 358 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  58.97 
 
 		 369 aa  412  1e-114  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  60.22 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  60.22 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  60.38 
 
 		 366 aa  411  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  60.22 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  62.13 
 
 		 371 aa  411  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  58.15 
 
 		 369 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  54.47 
 
 		 365 aa  378  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  57.3 
 
 		 352 aa  378  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 408 aa  366  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  53.83 
 
 		 360 aa  367  1e-100  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  53.6 
 
 		 369 aa  363  3e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  54.5 
 
 		 358 aa  357  2.9999999999999997e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  55.43 
 
 		 358 aa  350  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  58.2 
 
 		 374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  51.51 
 
 		 353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  52.46 
 
 		 361 aa  335  7.999999999999999e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  50.67 
 
 		 353 aa  333  3e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  50.67 
 
 		 353 aa  333  3e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  48.91 
 
 		 346 aa  331  1e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 359 aa  330  3e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  49.6 
 
 		 351 aa  325  1e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  49.86 
 
 		 342 aa  322  7e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  49.43 
 
 		 350 aa  297  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  48.11 
 
 		 366 aa  292  7e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  49.4 
 
 		 311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  44.26 
 
 		 374 aa  254  1.0000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  43.71 
 
 		 365 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  43.48 
 
 		 345 aa  246  4.9999999999999997e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  40.73 
 
 		 355 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  42.94 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  40.52 
 
 		 339 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  39.37 
 
 		 341 aa  226  7e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  40.74 
 
 		 337 aa  225  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  38.53 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  42.77 
 
 		 341 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  43.48 
 
 		 341 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  42.86 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.63 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  35.61 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  37.83 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  32.74 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.99 
 
 		 902 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.98 
 
 		 877 aa  117  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.52 
 
 		 582 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.71 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.22 
 
 		 495 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  32.01 
 
 		 477 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  32.96 
 
 		 608 aa  106  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  30.12 
 
 		 825 aa  104  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.75 
 
 		 436 aa  103  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.43 
 
 		 828 aa  103  7e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  31.12 
 
 		 656 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  27.58 
 
 		 646 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  26.82 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.83 
 
 		 861 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  32.95 
 
 		 603 aa  99.8  7e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.6 
 
 		 896 aa  99.8  7e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  31.32 
 
 		 320 aa  99.4  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  33.07 
 
 		 351 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.22 
 
 		 797 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  29.19 
 
 		 822 aa  98.2  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  29.2 
 
 		 847 aa  96.3  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  31.46 
 
 		 871 aa  95.9  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  28.68 
 
 		 855 aa  95.1  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  29.86 
 
 		 763 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.82 
 
 		 583 aa  94.4  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.19 
 
 		 590 aa  94  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  30.53 
 
 		 513 aa  92.8  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  32.78 
 
 		 601 aa  92.8  8e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.46 
 
 		 815 aa  92.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  30.53 
 
 		 513 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  29.39 
 
 		 285 aa  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  30.81 
 
 		 513 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 759 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  29.64 
 
 		 867 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  28.69 
 
 		 766 aa  89  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  30.74 
 
 		 584 aa  89  1e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  31.62 
 
 		 852 aa  88.2  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  24.15 
 
 		 813 aa  88.6  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  30.77 
 
 		 684 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  31.63 
 
 		 847 aa  87.8  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  30.37 
 
 		 845 aa  87.4  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  32.38 
 
 		 310 aa  87.8  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  28.08 
 
 		 758 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  30.24 
 
 		 549 aa  87.4  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  28.08 
 
 		 758 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  28.08 
 
 		 758 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  30.32 
 
 		 840 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  31.4 
 
 		 896 aa  86.7  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>