More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0213 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
230 aa  467  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  67.42 
 
 
226 aa  268  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.07 
 
 
225 aa  264  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.07 
 
 
226 aa  250  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  56.16 
 
 
229 aa  247  8e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  58.13 
 
 
223 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  51.17 
 
 
244 aa  219  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  48.13 
 
 
237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  45.33 
 
 
236 aa  209  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  40.43 
 
 
239 aa  164  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.55 
 
 
243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  38.79 
 
 
239 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
241 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.09 
 
 
243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  41.31 
 
 
226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  39.73 
 
 
237 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.92 
 
 
229 aa  138  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
222 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
231 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
234 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  36.62 
 
 
223 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
235 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 
234 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
235 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  37.09 
 
 
230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  38.76 
 
 
228 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  38.28 
 
 
228 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  38.21 
 
 
229 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  35.03 
 
 
183 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.31 
 
 
193 aa  119  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  34.48 
 
 
190 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  31.9 
 
 
221 aa  116  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.99 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.23 
 
 
185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.23 
 
 
201 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.52 
 
 
211 aa  109  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
226 aa  108  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.07 
 
 
209 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.66 
 
 
224 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.61 
 
 
216 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  32.28 
 
 
209 aa  105  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.36 
 
 
224 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
222 aa  105  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.99 
 
 
209 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.99 
 
 
209 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.68 
 
 
222 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.96 
 
 
190 aa  102  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.47 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.96 
 
 
192 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.96 
 
 
203 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.04 
 
 
185 aa  99.8  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
215 aa  99.4  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.63 
 
 
292 aa  99  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.63 
 
 
288 aa  99  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  99.4  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  32.11 
 
 
285 aa  99  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
211 aa  99  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.24 
 
 
205 aa  99  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
200 aa  98.6  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.96 
 
 
192 aa  98.2  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
211 aa  98.2  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
199 aa  98.2  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
198 aa  97.1  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.49 
 
 
220 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.75 
 
 
220 aa  96.7  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.44 
 
 
192 aa  96.7  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  34 
 
 
209 aa  96.7  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.5 
 
 
259 aa  96.3  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.46 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
224 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
247 aa  95.5  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.69 
 
 
192 aa  95.5  7e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
191 aa  95.1  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2571  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
200 aa  95.1  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.93 
 
 
192 aa  95.1  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.5 
 
 
205 aa  95.1  8e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.5 
 
 
205 aa  95.1  8e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4364  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.26 
 
 
217 aa  94.4  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.9 
 
 
192 aa  94.7  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.95 
 
 
177 aa  94.7  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.67 
 
 
192 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.99 
 
 
192 aa  94.7  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.56 
 
 
200 aa  93.2  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.77 
 
 
283 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
206 aa  93.2  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
192 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
184 aa  93.2  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
193 aa  93.6  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
192 aa  92.8  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.44 
 
 
189 aa  92.8  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
192 aa  92.8  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2793  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
200 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.129916  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
192 aa  92.8  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.12 
 
 
205 aa  92.8  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>